הטוב ביותר ביואינפורמטיקה עבור Linux

Genepidgin היא חבילה של כלים Python המסייעים בשמות אחרים של מוצרים והערכת גן המשימה & nbsp; יש שלושה מרכיבים עיקריים.:genepidgin * נקי *& Nbsp; סטנדרטיזציה גן שמות להנחיות שמות Uniprotgenepidgin * להשוות *& Nbsp; משווה שניים או יותר סטים של שמות...

צעדים הוא חבילת סימולציה סטוכסטיים מדויקת של מערכות התגובה-דיפוזיה בגיאומטריות מורכבות 3D באופן שרירותי. אלגוריתם הסימולציה ליבה שלנו הוא יישום של SSA של גילספי, הרחיב להתמודד עם דיפוזיה של מולקולות על פני האלמנטים של רשת tetrahedral 3D.למרות שזה פותח...

TRMiner הוא כלי Python שמטרתה אוצרי נתונים מדעיים & nbsp;. היא מאפשרת לגזום במהירות אוסף גדולה של פרסומים מדעיים למשפטים רלוונטיים למטרת כרייה נתון.זו מושגת בשני שלבים. ראשית, טקסטים tranlated לרצפים של אסימונים למילים רלוונטיות. שנית, דפוסי ביטוי רגילים...

מערכת benchmark ביואינפורמטיקה הוא ניסיון לבנות מסגרת סבירה בדיקות, בדיקות, ונתונים, כדי לאפשר למשתמשי קצה וספקים כדי לחקור את הביצועים של המערכות שלהם.מה שאנחנו מנסים לעשות הוא ליצור מסגרת לבדיקה, ומערכת ליבה של בדיקות שכל יכול להוריד ולהשתמש בו כדי...

Staden החבילה היא קבוצה מפותחת של הרכבה רצף ה- DNA (Gap4), עריכה וכלי ניתוח (ספין) ליוניקס, לינוקס, MacOSX ו- MS Windows.בחזית Gap4 היו כמה קטין הצטרפות קשורשיפורים באיך זה עשרות מצטרף מצא פנימי מצטרף והפונקציונליות של כפתור היישור בעורך הצטרף.גם של תוצאה...

אררו הוא מבוסס על MACS (דגם ניתוח מבוסס על נתונים שבב Seq).רצף תפוקה גבוהה מצמידים את המשקעים חיסוניים הכרומטין (שבב Seq) נמצא בשימוש נרחב באפיון הגנום דפוסים מחייבים של גורמי שעתוק, קו-פקטורים, מכפילי הכרומטין, וחלבוני DNA מחייב אחרים. צעד מפתח בניתוח...

seriesoftubes הוא צינור ארוך לנתונים שבב seq Solexa.תיעוד חבילה דרישות : ...

MetagenomeDB היא ספריית פייתון נועד לאחסן בקלות, לאחזר ויסמנו רצפי metagenomic & nbsp;. מעשה MetagenomeDB כשכבת הפשטה על גבי מסד נתוני MongoDB. הוא מספק API כדי ליצור ולשנות ולחבר את שני סוגים של אובייקטים, כלומר רצפים ואוספים:& Nbsp; * רצפים (כיתת רצף)...

חותם הוא מודול פייתון שמספק יישור רצף על Hadoop.חותם הוא יישום של MapReduce יישור רצף ביולוגי. היא פועלת על Hadoop (http://hadoop.apache.org) דרך Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), API Python MapReduce וHDFS לHadoop. דרישות : ...

מיסו (תערובת של isoforms) היא מסגרת הסתברותי נכתבה בפייתון שquantitates הרמה & nbsp ביטוי; של גני שחבור חלופיים מנתוני RNA-Seq, ומזהה isoforms או אקסונים דיפרנציאלי מוסדרים במדגמים.על ידי דוגמנות התהליך המחולל על ידי אשר קורא מיוצרים מisoforms בRNA-Seq,...