הטוב ביותר ביואינפורמטיקה עבור Linux

לבנות מערכות כמו איפור משמש לעתים קרובות כדי ליצור זרימות עבודה מסובכות, למשל ביואינפורמטיקה & nbsp;. snakemake שואף לצמצם את המורכבות של תהליכי עבודה יצירת על ידי מתן שפה נקייה ומודרנית תחום ספציפי מפרט (DSL) בסגנון פיתון, יחד עם סביבת ביצוע מהירה ונוחה....

CLC Workbench DNA יוצר סביבת תוכנה המאפשרת למשתמשים לבצע מספר רב של רצף ה- DNA המתקדם מנתח, בשילוב עם ניהול חלק נתונים, ואפשרויות צפייה ופלט גרפיות מצוינות.CLC Workbench DNA הוא זמין ב- Windows, Mac OS X, ופלטפורמות לינוקס תכונות :. ביואינפורמטיקה...

seriesoftubes הוא צינור ארוך לנתונים שבב seq Solexa.תיעוד חבילה דרישות : ...

פרויקט STEME התחיל את חיי כקירוב לאלגוריתם הציפייה-Maximisation לסוג של מודל המשמש במד מוטיב כגון מם.STEME & rsquo; קירוב EM של פועל בסדר גודל יותר מהר מאשר יישום מם להגדרות פרמטר טיפוסיים. STEME עכשיו התפתח מאתר מוטיב באופן מלא לכל דבר בפני עצמו. למה...

Genepidgin היא חבילה של כלים Python המסייעים בשמות אחרים של מוצרים והערכת גן המשימה & nbsp; יש שלושה מרכיבים עיקריים.:genepidgin * נקי *& Nbsp; סטנדרטיזציה גן שמות להנחיות שמות Uniprotgenepidgin * להשוות *& Nbsp; משווה שניים או יותר סטים של שמות...

מיסו (תערובת של isoforms) היא מסגרת הסתברותי נכתבה בפייתון שquantitates הרמה & nbsp ביטוי; של גני שחבור חלופיים מנתוני RNA-Seq, ומזהה isoforms או אקסונים דיפרנציאלי מוסדרים במדגמים.על ידי דוגמנות התהליך המחולל על ידי אשר קורא מיוצרים מisoforms בRNA-Seq,...

Pathomx (לשעבר MetaPath) היא תוכנת קוד פתוח גרפית מיושמת בIPython, Qt וPyQt, תוכננה מהיסוד עד לשמש ככלי אינטראקטיבי להדמיה והניתוח של נתונים מטבולים תחת GNU / Linux וPOSIX האחר & nbsp; הפעלה מערכות. בתחילה תוכנן לו לשמש לעיבוד data.Features metabolomics...

בורוז-וילר Aligner (BWA) הוא תכנית יעילה שמיישרת רצפי נוקליאוטידים קצרים יחסית נגד רצף התייחסות ארוך כגון הגנום האנושי.התוכנה מיישמת שני אלגוריתמים, BWA-קצר וBWA-SW. העבודות לשעבר לשאילתא רצפים קצרות יותר מאשר 200bp והאחרון לרצפים ארוכים יותר עד כ...

avalanchetoolbox הוא ארגז כלים לזיהוי ומתאר תהליכי הסתעפות, כגון מפולות עצביות דרישות :. ...

OpenElectrophy היא מסגרת כדי להקל על מניפולציה, אחסון וניתוח של נתונים אלקטרו. זה יכול לייבא נתונים מפורמטים של קבצים רבים ושונים ולאחסן אותם במסד נתוני SQL-סוג אחד.כלי ניתוח הכלולים בOpenELectrophy הם זיהוי תנודה וספייק זיהוי. ניתוח נוסף צריך להיות כתוב...