גובים הוא API Python לקריאת קבצי נתונים בינאריים שנוצר באמצעות מסגרת ניהול נתונים גובי הדור הבא.
בדרך כלל, במדריך זה מגיע כחלק מחבילת הגובים השלמה, זמין מ:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
החבילה המלאה כוללת את קוד מקור Java. אם הורדת חבילה זו מPyPI או מקור Python הספציפי אחר, ייתכן שקבלת רק חלק Python של הקוד.
פיתוח אזהרה
ספריות הגובים Python אינן כבוגרות כיישום Java. זה יכול להיות יותר מרכבה והוא אינו מיועד לספק הסט של תכונות שנמצאו בגרסת Java המלא.
התקנה:
& Nbsp; 1. ודא שיש לך Python 2.5 או חדשים יותר. במקרה של ספק, לרוץ:
-V פיתון
& Nbsp; 2. להוריד ולהתקין את חבילות פיתון תנאי:
& Nbsp; 1. חוצצי פרוטוקול
& Nbsp; זמין מ http://code.google.com/p/protobuf/ או PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - החלפת Python לjava.util.Properties
& Nbsp; זמין מ http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. התקן את חבילת הגובים:
פיתון setup.py להתקין
& Nbsp; צעד זה עשוי לדרוש הרשאות superuser.
שימוש:
תסריטי דוגמא מסופקים כדי להדגים כיצד לגשת לתוכן של קבצי גובים בפייתון.
& Nbsp; * הנה כיצד לסרוק קובץ יישור גובים:
& Nbsp; basename GobyAlignmentStats.py
(קבצי basename.entries וbasename.header חייב לצאת.)
& Nbsp; * הפקודה הבאה תהיה להדפיס את התוכן של קובץ יישור טקסט:
basename GobyAlignmentToText.py
& Nbsp; * הפקודה הבאה יהיה להמיר קומפקטי קוראת קובץ לפורמט FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-קורא
& Nbsp; * הפקודה הבאה יהיה להדפיס נתונים סטטיסטיים על התוכן של קומפקטי קוראת קובץ:
GobyReadsStats.py file.compact-קורא
דרישות :
- Python
תגובות לא נמצא