הטוב ביותר ביואינפורמטיקה עבור Linux

MetagenomeDB היא ספריית פייתון נועד לאחסן בקלות, לאחזר ויסמנו רצפי metagenomic & nbsp;. מעשה MetagenomeDB כשכבת הפשטה על גבי מסד נתוני MongoDB. הוא מספק API כדי ליצור ולשנות ולחבר את שני סוגים של אובייקטים, כלומר רצפים ואוספים:& Nbsp; * רצפים (כיתת רצף)...

SSuMMo היא ספרייה של פונקציות תוכננו סביב איטרטיבי באמצעות hmmer להקצות רצפים למינים & nbsp;. תוצאות הן עצים מבואר מאוד מראים מינים / סוג הפצה בתוך הקהילה ש.תוכניות כלולות בקוד המקור כוללות כלים ל: -- בניית מסד נתונים היררכיים של מודלי מרקוב נסתרים -...

tigreBrowser הוא דפדפן מודל ביטוי גנים לתוצאות מחבילת R טיגרה (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). התקנה: tigreBrowser דורש גרסת פייתון> = 2.5. ניתן להתקין tigreBrowser עם הפקודה הבאה:פיתון setup.py להתקיןלקבלת מידע נוסף על...

MACS2 הוא כלי ניתוח מודל המבוסס על נתונים שבב Seq.עם השיפור של טכניקות רצף, immunoprecipitation הכרומטין ואחריו רצף תפוקה גבוה (שבב Seq) הוא מקבל פופולרי ללמוד אינטראקציות החלבון-DNA הגנום. כדי לטפל בחוסר שיטת ניתוח שבב Seq החזק, אנו מציגים אלגוריתם רומן,...

edittag הוא אוסף בקשה לעיצוב סטים של תגי רצף מטרי עריכה, בדיקת תגי רצף לקונפורמציה למדד לערוך, ושילוב תגי רצף למתאמי רצף פלטפורמה ספציפית ופריימרים PCR. edittag שונה מגישות אחרות:& Nbsp; * edittag מייצר אורכים שרירותיים של תגי רצף עריכה-מטרי במסגרות זמן...

MacMolPlt היא תכנית הגרפיקה מודרנית לזוממים מבנים מולקולריים 3-D ומצבים נורמלים (תנודות). אמצעים...

picme היא חבילת פייתון המכילה תוכניות להעריך ולתכנן האינפורמטיביות פילוגנטי למערכי נתונים גדולים. התקנה לרגע, הדרך הקלה ביותר כדי להתקין את התכנית היא:git git שיבוט: //github.com/faircloth-lab/picme.git / נתיב / ל / picmeכדי להפעיל בדיקות:cd / נתיב / ל /...

SyntenyMiner הוא יישום לדמיין ולחקור את ההשוואות בין רצפי גנום שלמים מרובים. הממשק מספק תצוגת ניווט של התאמות לרצף הגנום התייחסות. רצף התאמות בין כרומוזומים של הגנום שונה יכולים להיבחן נוסף בהקשר של עלילת נקודה, חושפים rearragements הגנום שני בקנה המידה...

ProteinShop הוא כלי אינטראקטיבי למניפולצית מבנים חלבוניים. הוא נועד ליצור קבוצה של תצורות חלבון באמצעות ידע ואינטואיציה אנושיים במהירות. יכולות להיות נתונה תצורות אלה לאופטימיזציה מקומית או גלובלית. למרות ProteinShopאינו מבצע אופטימיזציה של התהליך הגלובלי...

PySCeS הוא פרויקט שפותח על ידי Triple-J הקבוצה למולקולרי של תא פיזיולוגיה & nbsp;. על מנת לנסות מודל ולהבין את התהליכים המורכבים ומערכות המרכיבים את התא החי תכונות :. מודול ניתוח מבני. משלבי לסימולציה בזמן פותרים שאינם ליניארי לניתוח מצב יציב ...