מערכת benchmark ביואינפורמטיקה הוא ניסיון לבנות מסגרת סבירה בדיקות, בדיקות, ונתונים, כדי לאפשר למשתמשי קצה וספקים כדי לחקור את הביצועים של המערכות שלהם.
מה שאנחנו מנסים לעשות הוא ליצור מסגרת לבדיקה, ומערכת ליבה של בדיקות שכל יכול להוריד ולהשתמש בו כדי לחקור אלמנטים ספציפיים של ביצועי מערכות.
יתר על כן, המקור לבדיקות אלה זמינים תחת רישיון GPL, ומתארחים בBioinformatics.org וניתן להרחבה הידענות LLC הרעיון הוא לאפשר למשתמשי קצה, צרכנים, מפתחי מערכות, ואחרים לבנות בקלות ולהשתמש בבדיקות משמעותיות מסיבות מדידה וכוונון .
ג'ו לנדמן ממדרגי הידענות LLC הגה את הרעיון וכתב את הקודים המקוריים. אנחנו מחפשים הצעות נוספות benchmark קוד, בדיקות, ערכות נתונים, וכו '
בדיקות בסיסיות נוכחיים כמה תפציץ צמח השדה פועלת, כמה ריצות HMMer, וכן מגוון של אחרים. אנחנו מתכננים לכלול ClustalW, X! טנדם, כימיה שונות, דינמיקה, ובדיקות בנושא, כמו גם כמה אחרות.
בדיקות כגון Linpack או HPL פשוט לא מספקות מדדי ביצוע משמעותיים או מודלים חזוי לאינפורמטיקה ביצועים גבוהה. למרבה הצער, לא לעשות מספר הבדיקות האחרונות וממוקדת יותר.
זו בעיה כLinpack וHPL במיוחד לבדוק את הביצועים בפעולות מטריצה שונות, שבו יש לך דפוסים יעילות רגילים גישה לזיכרון, ופעולות מתמטיות ספציפיות.
קודים אלה הם שימושיים ביותר עבור השוואה לקודים עם פעולות נקודה צפו כבדות, ותנועת זיכרון רציף. קודים אלה לא נועדו להשוואות מערכות מקיפות, שבו אני דיסק / O, חביון הזיכרון, וגורמים אחרים, כל אלה תורמים לבעיות ביצועים.
הבדיקות הטובות ביותר הן אלה שהכי דומים לקודים שתפעלו על המכונה. הבדיקות עצמם צריכים להיות קירובים סבירים לביצוע אמיתי של הקוד שלך, תוך שימוש בנתונים אמיתיים. ייתכן שיהיה צורך לקלף אותו בחזרה על מנת לקבל פעמים לרוץ מציאותיות.
צריכה להיות לך קבוצת משנה סבירה בגדלים נתונים. בדיקה אחת לא אומרת לך איך המערכת שלך מאזניים, ואחת הסיבות לקיומה של בדיקה זו היא במיוחד כדי לאפשר לך לבדוק את הביצועים בזמן שאתה להגדיל את ההיבטים שונים של עומס העבודה.
לעתים רחוקות אתה מקבל מערכת שקטה באשכול, ולכן אנחנו ממליצים שתנסו להפעיל באופן הכי מציאותית סביבת הפעלה ככל האפשר. בסיס במערכת שקטה הוא בסדר, אבל זה עשוי להגדיר את הציפיות שלך באופן בלתי סביר.
העליון
תגובות לא נמצא