חדש ביואינפורמטיקה עבור Linux

צעדים הוא חבילת סימולציה סטוכסטיים מדויקת של מערכות התגובה-דיפוזיה בגיאומטריות מורכבות 3D באופן שרירותי. אלגוריתם הסימולציה ליבה שלנו הוא יישום של SSA של גילספי, הרחיב להתמודד עם דיפוזיה של מולקולות על פני האלמנטים של רשת tetrahedral 3D.למרות שזה פותח...

(אובייקטים העצבי אנסמבל) וNEO הוא פרויקט לספק מערך משותף של מחלקות בסיס לשימוש בניתוח נתונים עצביים, במטרה להגיע OpenElectrophy, NeuroTools ופרויקטים אולי אחרים עם מטרות דומות קרובות יותר יחד.שתי מטרות עיקריות הוגדרו עד כה:& Nbsp; * אבן הדרך הראשונה היא...

OpenElectrophy היא מסגרת כדי להקל על מניפולציה, אחסון וניתוח של נתונים אלקטרו. זה יכול לייבא נתונים מפורמטים של קבצים רבים ושונים ולאחסן אותם במסד נתוני SQL-סוג אחד.כלי ניתוח הכלולים בOpenELectrophy הם זיהוי תנודה וספייק זיהוי. ניתוח נוסף צריך להיות כתוב...

כבול הוא חבילה של תוכניות ללכידה, חיזוי וניתוח מאפייני biophysical של חלבונים.ראה http://enzyme.ucd.ie/PEAT לתיעוד, הוראות, צילומי מסך וכו ' דרישות :. ...

בורוז-וילר Aligner (BWA) הוא תכנית יעילה שמיישרת רצפי נוקליאוטידים קצרים יחסית נגד רצף התייחסות ארוך כגון הגנום האנושי.התוכנה מיישמת שני אלגוריתמים, BWA-קצר וBWA-SW. העבודות לשעבר לשאילתא רצפים קצרות יותר מאשר 200bp והאחרון לרצפים ארוכים יותר עד כ...

SSuMMo היא ספרייה של פונקציות תוכננו סביב איטרטיבי באמצעות hmmer להקצות רצפים למינים & nbsp;. תוצאות הן עצים מבואר מאוד מראים מינים / סוג הפצה בתוך הקהילה ש.תוכניות כלולות בקוד המקור כוללות כלים ל: -- בניית מסד נתונים היררכיים של מודלי מרקוב נסתרים -...

גובים הוא API Python לקריאת קבצי נתונים בינאריים שנוצר באמצעות מסגרת ניהול נתונים גובי הדור הבא.בדרך כלל, במדריך זה מגיע כחלק מחבילת הגובים השלמה, זמין מ:& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/החבילה המלאה כוללת את קוד מקור Java. אם הורדת חבילה זו מPyPI או...

PySCeS הוא פרויקט שפותח על ידי Triple-J הקבוצה למולקולרי של תא פיזיולוגיה & nbsp;. על מנת לנסות מודל ולהבין את התהליכים המורכבים ומערכות המרכיבים את התא החי תכונות :. מודול ניתוח מבני. משלבי לסימולציה בזמן פותרים שאינם ליניארי לניתוח מצב יציב ...

Pysam הוא מודול פייתון לקריאה ולמניפולצית Samfiles & nbsp;. זה עטיפה קלה של C-API samtools.המדריך להתחלה מהירה היא כאן. תיעוד מפורט יותר זמין כאן.שאלות והערות תתקבלנה בברכה, ויש לשלוח לקבוצת המשתמשים pysam...

TRMiner הוא כלי Python שמטרתה אוצרי נתונים מדעיים & nbsp;. היא מאפשרת לגזום במהירות אוסף גדולה של פרסומים מדעיים למשפטים רלוונטיים למטרת כרייה נתון.זו מושגת בשני שלבים. ראשית, טקסטים tranlated לרצפים של אסימונים למילים רלוונטיות. שנית, דפוסי ביטוי רגילים...