Jmol

Jmol הוא קוד פתוח, חוצה פלטפורמה ותוכנה גרפית חופשית אשר תוכננה במקור לפעול כצופה מולקולרי למבנים כימיים תלת-ממדיים. הוא פועל בארבעה מצבים עצמאיים, כמו יישום אינטרנט HTML5, תוכנית Java, יישומון Java, ו "ללא ראש" בצד השרת רכיב.

תכונות עיקריות כוללות ביצועים גבוהים 3D טיוח תמיכה ללא צורך כל חומרה high-end, יצוא קבצים JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ ו POV-Ray פורמטים, תומך בתאי יחידה בסיסיים, תמיכה RasMol ו פעמון בשפות scripting, כמו גם בספריית JavaScript.

בנוסף, התוכנה תומכת באנימציות, משטחים, תנודות, אורביטלים, מדידות, סימטריה ופעולות תא יחידה וצורות סכמטיות.

כיום, היישום תומך במגוון רחב של פורמטים של קבצים, ביניהם אנו יכולים להזכיר MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + Vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, גאוס, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO ו- MOPAC.

בנוסף, נתמכים גם CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR ו- JME .

תומך בכל דפדפני האינטרנט העיקריים

התוכנה נבדקה בהצלחה עם כל דפדפני האינטרנט העיקריים, כולל Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera ו- Safari. יישומי הדפדפן הנ"ל נבדקו על כל מערכות ההפעלה המיינסטרים (עיין בסעיף הבא לתמיכה במערכות הפעלה).

בהיותה כתובה בשפת התכנות של ג'אווה, Jmol היא אפליקציה עצמאית לפלטפורמה המיועדת לתמוך בכל ההפצות של גנו / לינוקס, מערכות ההפעלה Microsoft Windows ו- Mac OS X, וכל מערכת הפעלה אחרת שבה מותקן Java Runtime Environment. / p>

מה חדש במהדורה זו:

• תיקון באגים: Jmol SMILES לא מאפשרים הכנסת קוד חיפוש - מוסיף & quot; ^ & quot; עבור קוד ההכנסה: [G # 129 ^ A. *]

• תיקון באגים: Jmol SMILES לא מאפשרים הכנסת קוד חיפוש - - מוסיף & quot; ^ & quot; עבור קוד ההכנסה: [G # 129 ^ A. *]



מה חדש בגירסה 14.20.3:

• תיקון באגים: Jmol SMILES אינו מאפשר כניסה - חיפוש קוד - מוסיף & quot; ^ & quot; עבור קוד ההכנסה: [G # 129 ^ A. *]

מה חדש בגירסה 14.6.5:

• תיקון באגים: Jmol SMILES אינו מאפשר הכנסת קוד חיפוש - מוסיף & quot; ^ & quot; עבור קוד ההכנסה: [G # 129 ^ A. *]

מה חדש בגירסה 14.6.1:

• תיקון באגים: Jmol SMILES אינו מאפשר כניסה - חיפוש קוד - מוסיף & quot; ^ & quot; עבור קוד ההכנסה: [G # 129 ^ A. *]

מה חדש בגירסה 14.4.4 בנה את 440:

• תיקון באגים: לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.4 Build4.04:

• תיקון באגים: לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.4 בנה את העדכון הבא:

• תיקון באגים: לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.3 בנה את העדכון הבא:

• תיקון באגים: אטום ביאור אינו מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.3 בנה את Microsoft2.28:

• תיקון באגים: הערות atom לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.2 Build a2.05:

• תיקון באגים: לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.4.0 Build 2015.12.02:

• תיקון באגים: לא מותאם להידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.2.15:

• תיקון באגים: אטום ביאור אינו מותאם עבור הידרוגנים נוספים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.2.13:

• תיקון באגים: אטום הערות אינו מותאם עבור הוספת הידרוגנים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגירסה 14.2.12:

• תיקון באגים: אטום ביאור אינו מותאם עבור הוספה הידרוגנים
• תיקון באגים: 14.3.3_2014.08.02 שבר את קורא ה- CIF
• תיקון באגים: BinaryDocument (קובץ ספרטני) לקריאה שבור ב- 14.1.12_2014.03.18

מה חדש בגרסה 14.1.8 ביטא:

• תכונה חדשה - בחר cartoonRibose:
• מצייר טבעות ribose, עם היבטים מראה puckering
• מתחבר באמצעות C4'-C5'-O5'-P באופן מפורש
• מציג C3'-O3 'לעיון.
• משבית את cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• מושבת על-ידי SET cartoonBaseEdges מופעל
• שהציע ריק ספיני, מדינת אוהיו
• תכונה חדשה: מסגרת אנימציה [a, b, c, d] עובדת עם מספרים שליליים לציון טווחים:
• מסגרת אנימציה [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• קורא כ- & quot; 1 עד 5 ולאחר מכן 10 עד 6 & quot;
• תכונה חדשה: טינקר קובץ הקורא (ו FoldingXYZ קורא שדרוג):
• יכול להשתמש ב- Tinker :: אבל זה נדרש רק אם השורה הראשונה היא רק atomCount
• מתאים לתבנית Tinker ישנה יותר עם אטומים n-1 עבור atomCount
• מאפשר מסלולים ומספר הדגם הרצוי
• תכונה חדשה: (למעשה 13.1 אבל לא מתועד) מסגרת אנימציה [51 50 49 48 47 46 45 (וכו ') 27 1 2 3 4 5 6 7 (וכו') ....]
• תכונה חדשה: x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• תכונה חדשה: x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; הכל & quot;)
• תכונה חדשה: x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; הטוב ביותר & quot;)
• תכונה חדשה: x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
• תכונה חדשה: x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
• תכונה חדשה - x = השוואה ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; הטוב ביותר & quot;):
• יוצר רשימת מתאם אחת או יותר המבוססת על SMILES לא ארומטי
• אופציונלית כוללת אטומי H
• לחלופין יוצרת את כל מיצובי האטום האפשריים
• מחזירה את int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• כאשר bs ו- bn הם מדדי אטום של מספרים שלמים או רשימה כאשר & quot; הכל & quot; אפשרות זו נבחרה.
• הבא יפיק מפה של מתאם אטום אחד לשני מבנים, כולל אטומי מימן: קובצי עומס & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = השוואה ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; & quot; H & quot;)
• משווה את המודל של קפאין מ- NCI לזה של PubChem:
• טעינת קפאין $, עומס טעינה: קפאין, מסגרת *
• בחר 2.1; תווית% [atomIndex]
• השווה {1.1} {2.1} SMILES לסובב לתרגם
• x = השוואה ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; הטוב ביותר & quot;)

= a [a1] a [a1] a [a1] a [a1] a [
• תכונה חדשה: השווה {model1} {model2} SMILES:
• אין צורך לתת SMILES; Jmol יכול להפיק אותו מ {model1}
• תכונה חדשה: x = {*}. מצא (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• מייצר SMILES עם אטומי H מפורשים
• תיקון bug: substructure () באמצעות SMILES במקום SMARTS, כך שרק מבנים מלאים;
• תיקון באגים: השמנה טובה יותר של הודעות והודעות בשיטות הקשורות ל- SMILES
• תיקון באגים: בצע גילוי Webexport של נתיב ל- Jmol.jar ו- jsmol.zip חזק יותר.
• תיקון באגים: get extractpertyModel לא מכבד משנה
• תיקון באגים: set pdbGetHeader TRUE אינו לוכד את REMARK3 REMARK290 REMARK350
• תיקון באגים: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) צריך לעטוף ערך ב- {value: ...}
• תיקון באגים: MO שקיפות מתמשכת שבורה ב 11.x
• תיקון באגים: הצג MENU לכתוב MENU לטעון MENU כל שבור 12.2
• תיקון באגים: {*} [n] צריך להיות ריק אם nAtoms

מה חדש בגירסה 14.0.7:

• תיקון באגים: 14.0.6 buged buged - unitcell ו הד עיבוד, getProperty

מה חדש בגירסה 14.0.5:

• תיקון באגים: שקיפות LCAOCartoon שבורה
• תיקון באגים: שדרה שקופה שבורה
• תיקון באגים: pqr, p2n קוראים שבורים
• תיקון באגים: isosurface map נכס xxx יכול להיכשל אם השטח הוא שבר (איכשהו) יש נקודה לא קשורה עם אטום הבסיסית.

מה חדש בגרסה 14.1.5 ביתא:

• תיקון באגים: שקיפות LCAOCartoon שבורה
• תיקון באגים: שדרה שקופה שבורה
• תיקון באגים: pqr, p2n קוראים שבורים
• תיקון באגים: isosurface map xxx נכס יכול להיכשל אם משטח הוא שבר (איכשהו) יש נקודה לא קשורה עם אטום הבסיסית.



מה חדש בגירסה 14.0.4:

• תיקון באגים: רקטות שבורות
• תיקון באגים: PDB byChain, bySymop אינו נתמך.

מה חדש בגירסה 14.0.2:

• תיקון באגים: אפנון לא מבחין בין q ו- t;
• תיקון באגים: מדידות מאופרות לא פועלות
• תיקון באגים: לא דילוג על ברירת מחדל Lattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• תיקון באגים: isosurface Map נכשל מסלול מסלול אטומי
• תיקון באגים: תצוגת רטט של אפנון עם מרחקים אינה מתעדכנת
• תיקון באגים: רטט כבוי גורם לאזהרה מיותרת במסוף
• תיקון באגים: צייר סימפ שבור
• תיקון באגים: array.mul (matrix3f) קריסות Jmol
• תיקון באגים: בחר symop = 1555 שבור
• תיקון באגים: בחר קטיף גרר לא נבחר
• קוד: refactored CifReader, המפריד בין MMCifReader לבין קוד MSCifReader: שינוי שם / שחזור מחדש של שיטות ב- SV
• קוד: מוסיף ממשק javajs.api.JSONEncodable
• יישום סופר-פשוט ב- org.jmol.script.SV
• מאפשר ליישומים של javajs לספק תוצאות JSON מותאמות אישית

מה חדש בגרסה 14.1.2 ביתא:

• תכונה חדשה: JavaScript: JSmol Api Jmol.evaluateVar (applet, express):
• טוב יותר מ- Jmol.evaluate מכיוון שהתוצאה היא משתנה JavaScript, לא מחרוזת.
• DEPRECATING JSmol Api Jmol.evaluate (applet, express)
• תכונה חדשה: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• מחזיר קוד JSON לנכס
• מאפשר JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; ביטוי כלשהו & quot;)
• תכונה חדשה: get variableperInfo:
• מאפשר אחזור משתנים בתבנית Java או JSON
• מעריך את הביטוי
• ברירות מחדל ל & quot; הכל & quot;
• תכונה חדשה: אפנון מתכוונן לפי q ו- t, עד d = 3:
• אפנון / כיבוי (כל האטומים)
• שינוי [atom set} פועל / כבוי
• אופנון q q-offset
• אפנון x.x t-offset
• אפנון {t1 t2 t3}
• אפנון {q1 q2 q3} TRUE
• תכונה חדשה: רשימה שנבחרה:
• מערך הורה של אטומים שנבחר לאחרונה
• ניתן להשתמש בו כמו המשתנה PICKED, אבל זה מסודר ברצף, לא באופן זמני
• לחיצה כפולה על המבנה מנקה את הרשימה
• @ {selectedList} [0] אטום שנבחר לאחרונה
• @ {selectedList} [- 1] אטום שנבחר עד האחרון
• @ {pickList} [- 1] [0] האחרון שני אטומים שנבחרו
• תכונה חדשה: array.pop (), array.push () - בדומה ל- JavaScript
• תכונה חדשה: סולם אפנון x.x
• תכונה חדשה: כיתוב & quot; xxxxx & quot; x.x - מספר שניות להפעלה
• תכונה חדשה: modulation 0.2 // sets t-value
• תכונה חדשה: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; test & quot;); הדפס a.pop ()
• תכונה חדשה: בחר באפשרות ON / OFF atom-set:
• מפעיל או מכבה את הילות הבחירה, כמו גם את הבחירה
• נוחות בלבד
• תכונה חדשה: pt1.mul3 (pt2):
• מחזירה {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• אם שניהם אינם נקודות, חוזר לכפל פשוט
• חדש reature: array.mul3 (pt2) - חל mul3 על כל האלמנטים של מערך
• תכונה חדשה: {atomset} .modulation (type, t):
• מספק P3 (אפנון תזוזה)
• מיושם רק עבור הסוג = & quot; D & quot; (אופציונלי)
• t אופציונלי הוא 0 כברירת מחדל
• תיקון באגים: אפנון לא מבחין בין q ו- t;
• תיקון באגים: מדידות מאופרות לא פועלות
• תיקון באגים: לא דילוג על ברירת מחדל Lattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• תיקון באגים: isosurface מפה להיכשל מסלולית אטומית
• תיקון באגים: תצוגת רטט של אפנון עם מרחקים אינה מתעדכנת
• תיקון באגים: רטט כבוי גורם לאזהרה מיותרת במסוף
• תיקון באגים: צייר סימפ שבור
• תיקון באגים: array.mul (matrix3f) קריסות Jmol
• תיקון באגים: בחר symop = 1555 תיקון באגים שבור: בחר גרר לקטוף בחר לא עובד
• קוד: refactored CifReader, המפריד בין MMCifReader ו- MSCifReader
• קוד: שינוי שם / שחזור מחדש של שיטות ב- SV
• קוד: מוסיף ממשק javajs.api.JSONEncodable:
• יישום סופר-פשוט ב- org.jmol.script.SV
• מאפשר ליישומים של javajs לספק תוצאות JSON מותאמות אישית

מה חדש בגירסה 14.0.1:

• תכונה חדשה: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (ברירת מחדל 55)
• פונקציה חדשה: load (), כמו בעומס הדפסה (& quot; xxx & quot;), קריאת קובץ מקומי מוגבלת ביישומון:
• אין תיקיית ספריות בסיס
• אין קבצים ללא תוסף
• אין קבצים עם כל & quot; /& quot; נתיב
• תכונה חדשה: קובצי JAR חתומים בצורה מאובטחת
• תכונה חדשה: קובצי JAR של Applet כוללים JNLPs (Java Network Protocol Protocol) עבור טעינת קבצים מקומית
• תכונה חדשה: אפשרויות כתובת אתר של JSmol _USE = _JAR = _J2S = דריסות עבור נתוני מידע
• תכונה חדשה: (היה קיים אך לא מתועד) להדפיס quaternion ([מערך של quaternions]) - מחזירה כדורית מתכוון לה buss ו פילמור
• תכונה חדשה: הדפס quaternion ([מערך של quaternions], נכון):
• מחזירה סטיית תקן עבור כדורית מתכוון לה buss ו פילמור
• יחידות הן מעלות זוויתיות
• ערכים חדשים של מודולרי quaternion בשם תכונה:
• quaternion print (1,0,0,0)% & quot; מטריצה ​​& quot;
• אפשרויות כוללות w w x y נורמלי eulerzxz eulerzyz וקטור theta axisx axisz axisz מטריקס axisz
• תכונה ew - מוגדר celShadingPower:
• מגדיר עוצמת הצללה של הצל.
• ערכים שלמים
• ברירת המחדל 10 היא שורה עבה
• 5 הוא קו דק
• 0 הופכת צל cel off
• ערך שלילי מסיר הצללה פנימית - מתאר בלבד
• פועל בפיקסלים על סמך מקור נורמלי למקור אור (כוח & gt; 0) או משתמש (צריכת חשמל & lt; 0)
• קובע צבע לניגודיות רקע (שחור או לבן) כאשר normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• תכונה חדשה: קריאת דוחות CIF_citation.title במסוף Scripting של Jmol
• תכונה חדשה: מזער את האפשרות SELECT {atomset} בלבד - לא כולל את כל האטומים האחרים
• תכונה חדשה: מזעור {atomset} - בחירה סמויה ורק
• תכונה חדשה - & quot; תוספים & quot; ספריות ב- JSmol על תרומות JS ו- SPT:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• תכונה חדשה: טוען ... מסנן & quot; ADDHYDROGENS & quot; - מקומי להגדיר pdbAddHydrogens רק עבור הפקודה לטעון אחד
• תכונה חדשה: השווה {1.1} {2.1} בונד סמיילים
• תכונה חדשה: list = compar ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• תכונה חדשה: כתוב את JSON xxx.json
• תכונה חדשה: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;:}} קורא
• תכונה מוגדרת - חלקיקראדיוס:
• רדיוס גלובלי עבור אטומים מעל ערך רדיוס מקסימלי (16.0)
• ברירות מחדל ל -20.0
• תכונה חדשה - מסנני CIF ו- PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; & quot; BYSYMOP & quot; עבור חלקיקי הנגיף:
• יוצר רק אטום אחד לכל שרשרת או לכל סימופ
• ניתן לגודל גדול יותר מהמקסימום של 16 אנגסטרומים, לדוגמה:
• set partRadius 30;
• spacefill 30; // כל מספר מעל 16 כאן משתמש particleRadius במקום
• תכונה חדשה: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• תכונה חדשה: Symop () מאפשרת סימטריה מסנן ביומולקולה עבור PDB ו- mmCIF
• תכונה חדשה - isosurface סימטריה:
• מחיל מפעילי סימטריה על פני השטח.
• עיבוד ויעילה יעילים יותר
• ברירת המחדל היא {symop = 1} בלבד
• צביעת ברירת המחדל היא לצבוע לפי סימופ בהתבסס על propertyColorScheme
• לדוגמה:
• טען מסנן 1stp & quot; biomolecule 1 & quot;
• סיומת מאפיינים של צבע
• isosurface sa רזולוציה 0.8 סימטריה sasurface 0
• תכונה חדשה - מאפיין אטום חדש: chainNo:
• ברצף מ -1 עבור כל דגם;
• chainNo == 0 פירושו & quot; אין שרשרת & quot; או שרשרת = ''
• תכונה חדשה - מאפיין חדשColorScheme & quot; ידידותי & quot;:
• ערכת צבעים ידידותית לעיוור צבעים
• בשימוש ב- RCSD
• תכונה חדשה: JSpecView לחלוטין Java ללא; כולל 2 nmr ו- PDF הדפסה של ספקטרום
• תכונה חדשה - כתוב מסמך PDF & quot; xxx.pdf & quot; איכות & gt; 1 בקשות למצב נוף:
• משתמש בקבוצות יצירה מותאמות אישית ליצירת PDF מותאמות אישית
• הגדלים של התמונה כך שיתאימו לגודל גדול מדי
• תכונה חדשה: JSpecView מוסיף תמ"ג PDF ו- 2D עבור JavaScript
• תכונה חדשה: load & quot; == xxx & quot; מסנן & quot; NOIDEAL & quot; - עומס רכיב כימי מ- PDB באמצעות & quot; nonideal & quot; להגדיר קואורדינטות
• תיקון באגים: כתוב תקליטור הוסר; ChemDoodle השתנה פורמטים; במקום זאת, השתמש ב- JSON
• תיקון באגים: קבצי PDB ו- CIF הצביעו על הרכבות כגון PAU כמספר שלילי גדול
• תיקון באגים: להשוות עם סיבוב לא מתחיל לולאה אינסופית
• תיקון באגים: בעיה בלולאה עם עיכוב (-1)
• תיקון באגים: העכבר מתגלגל ל- Chrome ב- JavaScript
• תיקון באגים: תיקון תפריט קופץ ב- JavaScript לשינויים בשפה
• תיקון באגים: רכיבי הליבה של JavaScript אינם מעובדים; Jmol._debugCode אינו מזוהה
• תיקון באגים: unitcell אופסט לא נכונה עבור ביומולקולות; מקור שגוי לצירים.
• תיקון באגים: isosurface / mo פרונטונלי שבור
• תיקון באגים: לוקליזציה של שפה שבורה ב- JavaScript
• תיקון באגים: קורא ADF לא קורא פלט MO מ DIRAC Build 201304052106
• תיקון באגים: Safari מדווח על מידע Jmol צהוב במקום לבקש לקבל יישומון
• - צריך להיות
• תיקון באגים: קורא CIF שאינו מטפל _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id כראוי
• - אטום שגוי מוגדר עבור מסנן טעינה = 3fsx.cif & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• תיקון באגים: [# 558 בעיית תאימות עם ChemDoodle] שגיאת JSmol בהגדרה של Number.toString ()
• תיקון באגים: גלגל העכבר אינו פועל כראוי
• תיקון באגים: שגיאת מהדר ב- JavaScript J2S אינה כופה int = = float למספר שלם
• תיקון באגים: אפשרות JavaScript WEBGL שבורה
• תיקון באגים: JavaScript NMRCalculation אינו ניגש למשאבים
• תיקון באגים: סטריאו JavaScript לא מיושם
• תיקון באגים: MOL הקורא לתקן עבור קובץ מודל מרובה (רק 13.3.9_dev)
• תיקון באגים: שגיאה בקוראת MOL עם עומס APPEND - אינו ממשיך מספרי אטום
• תיקון באגים: קורא אפנון CIF שאינו קורא שילובים ליניאריים של וקטורי גל תאים
• תיקון באגים: קריאה CIF עם מסנן & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; נכשל אם רק מבצע הזהות
• תיקון באגים: קורא mmCIF לא קורא את כל האפשרויות _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• תיקון באגים: ערך PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 אמור להיות & quot; ללא תא יחידה & quot; ללא קשר למסנן ביומולקולה
• תיקון באגים: לוח בעל משטח אחד אינו מתאים היטב למולקולות שטוחות כגון HEM
• תיקון באגים: printfunc print () עלול להיכשל (userfunc () כשלעצמו בסדר)
• תיקון באגים: בתוך (סליל) לא מיושם עבור פולימרים C-alpha בלבד
• תיקון באגים: _modelTitle לא מתעדכן כאשר קובץ חדש נטען או zapped
• תיקון באגים: {*}. symop.all לא מספק מפעיל סימטריה כראוי
• תיקון באגים: עבור קשר משולש ב- SMILES בכתובות אתרים
• תיקון באגים: build.xml חסר מחלקות יצירת PDF
• תיקון באגים: לאחר עדכון Java, הוספת בדיקת הנתיב הנכונה עבור היישומון המקומי שנחתם
• תיקון באגים: {xxx} .property_xx לא נשמר במצב (שבור 8/7/2013 rev 18518)
• תיקון באגים: המאפיינים עודכנו לקובצי JAR של יישומי JAR חתומים וחסומים
• תיקון באגים: הכתיבה נכשלת
• תיקון באגים: applet scriptWait () שיטה שבורה
• תיקון באגים: הפעלת PyMOL עשויה להציג תא יחידה לאחר קריאתו ממצב שמור
• תיקון באגים: קורא MMCIF נכשל עבור סוגי הרכבה מרובים
• תיקון באגים: קורא CIF & quot; biomolecule 1 & quot; תרגום & quot; מולקולרית & quot; במקום & quot; הרכבה & quot;
• תיקון באגים: מסלול הטעינה עם מספר קבצים שאינם פועלים
• תיקון באגים: תפריט קופץ של יישומון JS שאינו נסגר כהלכה בעת שינוי השפה
• תיקון באגים: מאפיין מזהה תיבת סימון HTML לא הוקצה
• קוד: refactoring של קוד יישומון / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• קוד: refactoring, פישוט של הקוראים שנאגרו וזרמי קלט שנאגרו.
• קוד: JavaScript refactoring, טוב יותר לבנות _... xml
• קוד: מספר שלם של JavaScript, Long, Short, Byte, Float, פעמיים כל העבודה מחדש
• קוד: פירוק של GT ._
• קוד: Refactored כל הכיתות הפנימיות שלא לצורך ברמה העליונה
• קוד: מבודד util / ModulationSet באמצעות Api / JmolModulationSet
• קוד - כל הלוקליזציה של שפת היישומון נקראת מקובצי .po פשוטים:
• עבור JavaScript כבר
• אין צורך לקבץ קבצים בכיתה עבור שפות היישומון
• ללא קובצי jar.
• ספריית jsmol / idioma החדשה מחזיקה קבצי .po עבור Java ו- HTML5
• קוד: עיצוב מהיר יותר יוצר עיבוד מרומז & quot; frontonly & quot; בחר באפשרות {xxx} בלבד
• קוד: עיבוד מהיר יותר של פני השטח עם תמונות מרובות & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; (במקרים שלמים)
• קוד: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - מאחד את כל ההפניות ל- URL.getContent () ו- Class.getResource ()
• קוד: JavaScript עוסק בבעיית מחלקה פנימית עם שינוי שם משתנה
• code: work-around עבור eval (functionName) אינו פועל ב- JavaScript.
• קוד: ניסוי עם חסימה סביבתית
• קוד: דרושים הוספה עבור Java Ju51 (ינואר 2014).
• קוד: JmolOutputChannel עבר אל javajs.util.OutputChannel
• קוד: jsmol.php קבוע כדי לאפשר & quot; בשיטת saveFile
• קוד: מנתח refractoring לתוך javajs.util
• קוד: DSSP עבר לכתובת org.jmol.dssx, והפחית את עומס הביצוע של JSmol ב- 20K
• קוד: החבילה iText מושלכת, לא עוד לנמק, כמו שכתבתי את יוצר ה- PDF שלי


דרישות :
• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment
22 Jun 18 בתוך תוכנה חינוכית ומדע, ביואינפורמטיקה