חדש ביואינפורמטיקה עבור Linux

חותם הוא מודול פייתון שמספק יישור רצף על Hadoop.חותם הוא יישום של MapReduce יישור רצף ביולוגי. היא פועלת על Hadoop (http://hadoop.apache.org) דרך Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), API Python MapReduce וHDFS לHadoop. דרישות : ...

avalanchetoolbox הוא ארגז כלים לזיהוי ומתאר תהליכי הסתעפות, כגון מפולות עצביות דרישות :. ...

Murka הוא חוצה פלטפורמה חופשית, ותוכנה של שורת הפקודה הקוד הפתוח שמסייעת למשתמשים לפתור בקלות את הבעיה תולדות הגזע, פשוט באמצעות רשתות חציון. הוא כולל שיטות האוריסטי, אלגוריתמים מדויקים, כמו גם פותר בעיות שטיינר.Murka & rsquo; הקלט של מספק הפיך...

. HTSeq היא מסגרת פייתון לעבד ולנתח נתונים מרצף תפוקה גבוהה (HTS) מבחני דרישות : < li>...

אורנג-ביואינפורמטיקה היא אורנג 'חבילת תוכנת כריית נתונים תוספות על & nbsp;. היא משתרעת אורנג' על ידי מתן פונקציונלי משותף למשימות בסיסיות ביואינפורמטיקה. הוא גם מספק יישומונים לאורנג בד, המאפשרים למשתמשים שאינם מתכנתים לנהל זרימת microarray...

edittag הוא אוסף בקשה לעיצוב סטים של תגי רצף מטרי עריכה, בדיקת תגי רצף לקונפורמציה למדד לערוך, ושילוב תגי רצף למתאמי רצף פלטפורמה ספציפית ופריימרים PCR. edittag שונה מגישות אחרות:& Nbsp; * edittag מייצר אורכים שרירותיים של תגי רצף עריכה-מטרי במסגרות זמן...

פרויקט VULCAN מספק ניתוח דינמיקה של נוזלים חישובית.VULCAN (הצמיג נגד רוח אלגוריתם לזרימת ניתוח מורכב) מציע דינמיקה של נוזלים חישובית למהירות תת-קולית דרך סוער קולי מגיב ולא מגיב תזרים על מגוון רחב של פלטפורמות חישובית סידוריים ומקבילות.העלות החישובית של...

seriesoftubes הוא צינור ארוך לנתונים שבב seq Solexa.תיעוד חבילה דרישות : ...

reciprocal_smallest_distance הוא אלגוריתם orthology pairwise המשתמש ביישור רצף גלובלי ומרחק האבולוציוני סבירות המרבית בין רצפים במדויק למזהה orthologs בין הגנום. התקנה מtarball הורד וuntar את הגרסה האחרונה מGitHub:cd ~ס תלתל...

לבנות מערכות כמו איפור משמש לעתים קרובות כדי ליצור זרימות עבודה מסובכות, למשל ביואינפורמטיקה & nbsp;. snakemake שואף לצמצם את המורכבות של תהליכי עבודה יצירת על ידי מתן שפה נקייה ומודרנית תחום ספציפי מפרט (DSL) בסגנון פיתון, יחד עם סביבת ביצוע מהירה ונוחה....