למעלה ביואינפורמטיקה עבור Linux

AHREA היא חבילת תכנה שהופכת את מציאת ביטוי יחסי לומדים קלים. . זה כתוב בפייתון דרישות : ...

אררו הוא מבוסס על MACS (דגם ניתוח מבוסס על נתונים שבב Seq).רצף תפוקה גבוהה מצמידים את המשקעים חיסוניים הכרומטין (שבב Seq) נמצא בשימוש נרחב באפיון הגנום דפוסים מחייבים של גורמי שעתוק, קו-פקטורים, מכפילי הכרומטין, וחלבוני DNA מחייב אחרים. צעד מפתח בניתוח...

CWC Simulator היא C ++ יישום CWC, חצץ לייצוג וסימולציה של מערכות ביולוגיות & nbsp;. לאחר התקנה מוצלחת (ראה התקנה) אתה תהיה מסוגל להריץ סימולציות על מודלים CWC, כפי שמוצג בכמה דוגמאות (ראה דוגמאות /).(שורת הפקודה) ממשק כמשתמש גנרי, אתה צריך לרוץ:model.cwc...

Syntainia הוא יישום חדשני להדמיה של הגנום מרובה & nbsp;. הוא מציג ממשק משתמש פשוט ואינטואיטיבי להציג ולתפעל מערכות יחסים בין קבוצות של גנים. עם הדמיה גן ברורה יותר, קל יותר לחוקר לזהות שימור synteny בין הגנום מרובה.  Syntainia הוא יישום שולחן עבודה שנראה...

checkmyclones הוא תוכנה המספקת כלים כדי לבדוק תוצאות סנגר רצף & nbsp;. (או כל טקסט רגיל או קבצי FASTQ) נגד קבוצה של רצפי התייחסות, ובלבד בכל פורמט סביר (כולל קואורדינטות) דרישות : ...

tigreBrowser הוא דפדפן מודל ביטוי גנים לתוצאות מחבילת R טיגרה (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). התקנה: tigreBrowser דורש גרסת פייתון> = 2.5. ניתן להתקין tigreBrowser עם הפקודה הבאה:פיתון setup.py להתקיןלקבלת מידע נוסף על...

picme היא חבילת פייתון המכילה תוכניות להעריך ולתכנן האינפורמטיביות פילוגנטי למערכי נתונים גדולים. התקנה לרגע, הדרך הקלה ביותר כדי להתקין את התכנית היא:git git שיבוט: //github.com/faircloth-lab/picme.git / נתיב / ל / picmeכדי להפעיל בדיקות:cd / נתיב / ל /...

טפיר הוא כלי פייתון המכיל תוכניות להעריך ולתכנן האינפורמטיביות פילוגנטי למערכי נתונים גדולים.טפיר מצטט בעת השימוש בטפיר, נא לציין:- Faircloth לפנה"ס, צ'אנג J, אלפארו ME: טפיר מאפשר ניתוח תפוקה גבוה של האינפורמטיביות פילוגנטי.- טאונסנד JP: אפיון...

צעדים הוא חבילת סימולציה סטוכסטיים מדויקת של מערכות התגובה-דיפוזיה בגיאומטריות מורכבות 3D באופן שרירותי. אלגוריתם הסימולציה ליבה שלנו הוא יישום של SSA של גילספי, הרחיב להתמודד עם דיפוזיה של מולקולות על פני האלמנטים של רשת tetrahedral 3D.למרות שזה פותח...

(אובייקטים העצבי אנסמבל) וNEO הוא פרויקט לספק מערך משותף של מחלקות בסיס לשימוש בניתוח נתונים עצביים, במטרה להגיע OpenElectrophy, NeuroTools ופרויקטים אולי אחרים עם מטרות דומות קרובות יותר יחד.שתי מטרות עיקריות הוגדרו עד כה:& Nbsp; * אבן הדרך הראשונה היא...