Biopython

עכשיו משתמש בסגנון Python 3 מובנה הפונקציה הבאה ב מקום של .next Python 2 'iterators סגנון שיטה ().
• הגרסה הנוכחית הסירה את הדרישה של ספריית 2to3.

מה חדש בגרסת 1.62:.

השחרור הראשון של Biopython אשר תומך באופן רשמי 3 Python

מה חדש בגרסת 1.60:

מודול ניו Bio.bgzf תומך בקריאה וכתיבת קבצי BGZF ( פורמט חסימת GNU Zip), גרסה של GZIP עם גישה אקראית יעילה, הנפוץ ביותר כחלק מקובץ בפורמט BAM ובtabix.
• מנתח GenBank / EMBL יהיה עכשיו לתת אזהרה על מקומות תכונה הבלתי מוכרים ולהמשיך בניתוח (שעזב את מיקום התכונה כמו אף אחד).
• Bio.PDB.MMCIFParser עכשיו שנאסף על ידי ברירת מחדל (אבל עדיין לא זמין בJython, PyPy או Python 3).

מה חדש בגרסת 1.59:

• Bio.TogoWS מודול החדש מציע מעטפת עבור REST TogoWS API.
• Bio.Entrez.efetch פונקצית צמח השדה Entrez תביא עודכן לטפל טיפול המחמיר של צמח השדה טיעוני ID המרובים בEFetch 2.0.

חדש בגרסה 1.58 מהו:

על ידי נראה מקסימלית) חבילה של תוכניות, codeml תמיכה, baseml וyn00 כמו גם מחדש יישום פייתון של chi2 נוספה כמודול Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO כולל כעת תמיכה לקרוא לקבצי ABI (& quot; סנגר & quot; קבצי נימי רצף עקבות, רצף שנקרא המכיל עם איכויות Phred)
.
• Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; המנתח עודכן להתמודד עם קווי הסמן המשמש בגרסת FASTA של ביל פירסון 3.36.

מה חדש בגרסה 1.57:.

• ניתן להתקין Biopython עכשיו עם פיפס

מה חדש בגרסה 1.56: חלבון EMBL

מודול Bio.SeqIO עודכן לתמוך קבצים (משמשים למסד נתוני פטנטים), קבצי IMGT (גרסה של פורמט קובץ EMBL, עם עזרה מהאורים Laserson), וקבצי XML UniProt.

מה חדש בגרסת 1.55:

הרבה עבודה כבר לקראת Python 3 תמיכה (דרך תסריט 2to3), אבל אם לא שברו משהו שאתה לא צריך מבחין בשינויים כלשהם.
• במונחים של תכונות חדשות, גולת הכותרת הבולטת ביותר היא שכיתות מעטפת יישום שורת פקודת כלי נמצאות כעת הפעלה, שאמור להפוך אותו להרבה יותר קל לקרוא כלים חיצוניים.

דרישות :

• Python 2.6 או
גבוה