DendroPy

תסריט יישום חדש לשרשור של תוויות סניף מכל רחבי עצי קלט מרובים:. sumlabels.py
• כיתת יכולת פעולה הדדית החדשה dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. מעטפת עבור Seq-Gen משולבת בספרייה
• dendropy.interop.muscle.muscle_align פונקצית יכולת פעולה הדדית החדש ():. עטיפה ליישור שרירים
• dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner כיתת יכולת פעולה הדדית חדש:. מעטפת עבור RAxML
• שיטת prune_taxa () הוסיפה לCharacterMatrix.
• מודולים מתמטיקה עברו לsubpackage שלהם:. Dendropy.mathlib
• מודול חדש לחישובי מטריצה ​​ווקטור:. Dendropy.mathlib.linearalg
• מודול חדש לחישוב מרחק סטטיסטי:. Dendropy.mathlib.distance
• משפחה של פונקציות מלנוביס חישוב המרחק בdendropy.mathlib.distance:. Squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, מלנוביס, mahalanobis_1d

מה חדש בגרסת 3.9.0:

• תכונות חדשות:
• ניגודים עצמאיים פילוגנטי (PIC) ניתוח יכול כעת להתבצע באמצעות מחלקת dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• פשוט coalescent הכלולה (עץ גן בעץ מינים) סימולציה.
• שינויים:
• טיעוני מילות מפתח לas_string (), write_to_path (), write_to_file, וכו 'שיטות כבר צבטו להיות עקבי יותר עבור NEXUS ופורמטי Newick. מילות מפתח קודמים עדיין נתמכות, אבל יהיה מיושנת. הסט החדש של טענות מילות מפתח הנתמכות ניתן לראות ב: נ"צ: x3c התאמה אישית & # NEXUS וNewick כתיבה; x3e Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & #; סעיף.
• NEXUS וNewick פורמטים כעת ברירת מחדל לרגישה לאותיות רישיות תוויות taxon; לציין case_insensitive_taxon_labels = False למקרה-רגישות.
• תיקוני באגים:
• קריאת אופי רציף מטריצות תוצאות כבר בבלוק הבא מדלג (NEXUS).
• נתפס OverflowError בעת חישוב סיכומים סטטיסטיים.

מה חדש בגרסת 3.8.0:

• כעת ניתן rerooted חפצי עץ באמצע (ראה Tree.reroot_at_midpoint ()).
• הערות (כלומר, תכונות של עץ, חפצי צומת או Edge כי יש לו & quot; ביאורים () & quot; קראו להם) NEXUS כאשר כותב עכשיו יכול להיות כפי שנכתב הערות מטה (& quot;; [ושדה = ערך] & quot) / פורמט NEWICK אם נעשה שימוש annotations_as_comments טיעון מילת המפתח.
• בעת הקריאה בNEXUS / עצי פורמט NEWICK, המפרט extract_comment_metadata = True תגרום הערות מטה שנגררת למילון, עם מקשים להיות fieldnames וערכים להיות ערכי השדה.
• בעת קריאת הנתונים בפורמט NEXUS, קובע בלוקים יעובדו, וערכות תווים מנותחים לCharacterDataMatrix הרלוונטי.
• ערכות תווים (כמו, למשל, מנותחים מNEXUS סטים בלוקים: ראה לעיל) ניתן לייצא כאובייקטי CharacterDataMatrix חדשים, ויישמר / מניפולציות / וכו '. independentally.
• בעת כתיבה בפורמטי NEXUS או NEWICK, טיעון write_item_comments מילות מפתח (אמת או שקר) יכול לקבוע אם הערות מורחבות הקשורים צמתים בעצים יהיו כתובים או לא.
• כיתת TopologyCounter הוסיפה לdendropy.treesum:. מאפשר מעקב אחר תדרי טופולוגיה
• treesplits.tree_from_splits () מאפשר בנייה של (טופולוגיה-בלבד) עצים מסט של פיצולים.
• רוב פונקציונלי שהיה אמור להיות 'dendropy.treemanip' עתה היגר כשיטות יליד כיתת dendropy.Tree. יהיה מיושן "dendropy.treemanip '.
• עצים כעת ניתן גזם מבוסס על רשימה של תוויות מינים להסיר או לשמור (בעבר, השיטות היו רק קיבלו רשימות של אובייקטי טקסון).

מה חדש בגרסת 3.7.1:

• עבר הגירת רישיון סגנון BSD ל

מה חדש בגרסת 3.6.1:

• SumTrees עכשיו עובד (במצב סידורי) תחת מבוגר גרסאות פייתון (כלומר & # x3c; 2.6).
• תיקונים לתאימות עם 2.4.x פייתון.

מה חדש בגרסת 3.5.0:

• שיטת ladderize נוסף (), להורות צמתים ב עולה (ברירת מחדל) או יורד (ladderize (מימין = True)) כדי.
• נוסף & quot; חיה-סיכום-עץ & quot; מפרט סכימה לעבד עצי קונסנסוס BEAST מבואר.
• נוסף מודול חדש לאינטראקציה עם צמח השדה מסדי נתונים:. Dendropy.interop.ncbi

מה חדש בגרסה 3.4:..

• ez_setup.py ארוזות מעודכנת לגרסה האחרונה

דרישות :

• פייתון 2.4-3.0