edittag הוא אוסף בקשה לעיצוב סטים של תגי רצף מטרי עריכה, בדיקת תגי רצף לקונפורמציה למדד לערוך, ושילוב תגי רצף למתאמי רצף פלטפורמה ספציפית ופריימרים PCR. edittag שונה מגישות אחרות:
& Nbsp; * edittag מייצר אורכים שרירותיים של תגי רצף עריכה-מטרי במסגרות זמן סבירות באמצעות ריבוי
& Nbsp; * edittag מייצר ערכות תג רצף מטרי לערוך תואמות את מרחק העריכה הנבחר
& Nbsp; * Primer3 edittag נהג לשלב תגי רצף לפריימרים PCR
אנו מספקים כמה קבוצות גדולות של תגי רצף לערוך מטרי תוכננו באמצעות edittag בפורמטים הבאים:
& Nbsp; * טקסט - קובץ זה הוא בפורמט מתאים לcheck_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * מסד נתוני SQLite
ציטוט
Faircloth לפני הספירה, גלן TC. קבוצות גדולות של זיהוי רצף עריכה-מטרי
תגים כדי להקל על ריבוב בקנה מידה גדולה של קורא ממסיבי
רצף מקביל. doi_
התקנה:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
זפת -xzf package.tar.gz
פיתון setup.py להתקין
מאגר
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
חבילה אופציונלית (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
פיתון-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2 -xzvf זפת
פיתון setup.py להתקין
חבילה אופציונלית (Primer3)
אם ברצונך לתכנן פריימרים שילוב תגי רצף לערוך מטרי, צריך קודם כל להתקין גרסה שונה של Primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
לעשות
make install
ודא שאתה מעביר את הקבצים הבינאריים מmod-Primer3 למיקום בדרך שלך (להעביר לפחות ארוך Primer3 וprimer3_config לאותה הספרייה בדרך שלך). לאחר מכן תוכל להפעיל
דרישות :
- Python
- numpy
- Levenshtein
- mod-Primer3
תגובות לא נמצא