Pathomx (לשעבר MetaPath) היא תוכנת קוד פתוח גרפית מיושמת בIPython, Qt וPyQt, תוכננה מהיסוד עד לשמש ככלי אינטראקטיבי להדמיה והניתוח של נתונים מטבולים תחת GNU / Linux וPOSIX האחר & nbsp; הפעלה מערכות. בתחילה תוכנן לו לשמש לעיבוד data.Features metabolomics בתכונות glanceKey כוללים תמיכה ביבוא ויצוא של NMR (תהודה מגנטית גרעינית) נתונים, עיבוד ספקטרום, כוללים נורמליזציה, binning ויישור, כמו גם להדמיה מסלול מטבולים וכרייה. תוכל גם להיות מסוגל לייבא נתונים הגנומי וmetabolomics דרך מסלולים שונים להדמיה על מסלולים שצוינו.
הסברים מסד נתוני MetaCyc שונים כלולים גם ביישום Pathomx, ביניהם אפשר להזכיר קישורי איחוד מסד הנתונים, מילים נרדפות, כמו גם מסלולים הקשורים ותגובות. שים לב כי באתר MetaCyc נגזר מAPI הציבורי.
היישום משתמש במסד נתוני MetaCyc רב עוצמה לחקר מהיר של מערכי נתונים מורכבים, הודות להרחבה ותוספים להגדרה. בנוסף, הוא משתמש בספריות numpy וScipy למספר טיפול, Matplotlib לגרפים, nmrglue ליבוא נתוני תמ"ג, d3.js לגרפים אינטראקטיביים, וscikit-ללמוד לmethods.Under ניתוח הסטטיסטי למכסה המנוע ונתמך OSesLooking מתחת למכסת המנוע של Pathomx, אנו יכולים להבחין כי היישום כבר בנוי על שורת פקודת IPython. זה גם עובד טוב תחת מערכות הפעלת Microsoft Windows ו- Mac OS X, שעבורו זה הוא זמין להורדה כחבילות בינאריות שנבנו מראש. לגנה / לינוקס, התוכנה מופצת רק כארכיון מקור gzipped תואם פלטפורמות חומרה 32-bit ו- 64-bit.
בעת השימוש בPathomx, משתמשים צריכים לזכור שהיישום עושה שימוש בנתונים מבסיס נתוני MetaCyc המסלול עצמו, שהוא חלק ממשפחת BioCyc. API MetaCyc משמש ליצירת מסד נתונים שסופקו, שמאוחסן באופן מקומי
מה חדש במהדורה זו:.
- עורך ויזואלי גרור ושחרר חדשים לחלוטין נוספו.
דרישות :
- Graphviz
תגובות לא נמצא