ZOOM Lite היא תוכנת מיפוי נתונים רצף והדמיה של הדור הבא. הגנום קלט משתמשי התייחסות וקצר Illumina / Solexa קורא קבצים או מרחב צבע מוצק AB קורא קבצים בפורמטים שונים, כגון * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta וכו 'ZOOM פלטי תוצאות המיפוי של אלה קצרים קורא ברצף ההתייחסות. יש ZOOM לייט ליבת מיפוי מהיר ומדויקת המבוססת על תיאורית זרעים המרובים במרווחים חדשים תוכננה. שני יחיד סוף ולזווג-הסוף קוראים באורכים שונים מ15bp ל240bp יכול להיות מטופלים. כל מספר של חוסר התאמה והחדרה אחד / מחיקה של אורכים שונים בין הקריאה ואזור היעד שלה ברצף ההתייחסות מותר. תוצאות מיפוי ייחודי או התוצאות הטובות ביותר (N העליון) לכל קריאה תהיה בדיווח לפי חוסר ההתאמה המינימלית ואורך indel. ציוני איכות מנוצלים כדי לשפר את דיוק מיפוי. בהתבסס על ליבת המיפוי, ZOOM לייט מאפשר למשתמשים לטעון נתונים קריאה מקומיים ונתונים רצף התייחסות, לבחור בפרמטרים נכונים, נתונים בנפח גבוה תהליך במקביל בקרב עד ארבעה מעבדים, לפקח על משימות הריצה, לאחסן את תוצאות המיפוי, להציג את הגרפים של תוצאות מיפוי ותוצאות מיפוי פלט באחת * .BED או * פורמטים של קבצי .GFF למדידות נוספות עם מידע מסלול דפדפן UCSC. ניתן לצפות בתוצאות מיפוי בכל קנה מידה רצוי, מהגרף עומק קריאה על כל כרומוזום ליישור רצף מפורט בין קורא ואת רצף ההתייחסות. משתמשים לנווט בקלות לאזורים של עניין פשוט באמצעות לחיצה וגרירה או גלילה. ZOOM לייט הוא נגזר של תוכנת ZOOM סטודיו
מה חדש בהודעה זו:.
הגרסה 1.5 כוללת פורמט SAM יצוא, ארכיטקטורה להתאים, קוד אופטימיזציה טובה יותר, קטן יותר גודל תכנית בינארי, וengining dabase המשודרג לביצועים טובים יותר.
תגובות לא נמצא