tigreBrowser הוא דפדפן מודל ביטוי גנים לתוצאות מחבילת R טיגרה (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
התקנה:
tigreBrowser דורש גרסת פייתון> = 2.5. ניתן להתקין tigreBrowser עם הפקודה הבאה:
פיתון setup.py להתקין
לקבלת מידע נוסף על התקנת מודולים פיתון (לדוגמא, התקנה ללא הרשאות שורש עבור המשתמש הנוכחי בלבד), ראה http://docs.python.org/install/
שרת החל
שרת האינטרנט הכלול בtigreBrowser חייב לפעול על מנת להשתמש בדפדפן התוצאה בפועל.
אתה צריך קובץ מסד נתונים שנוצר על ידי חבילת Tigre R (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). חבילה זו כוללת קובץ מסד נתוני מבחן 'database.sqlite' אשר יכול לשמש לבדיקת tigreBrowser. מסד נתוני המבחן נוצר באמצעות ההוראות ונתונים דוגמא כלולות בחבילת טיגרה.
ביצוע tigreServer.py להתחיל ממשק המשתמש הגרפי של השרת. על מנת להפעיל את דפדפן תוצאה מכך, יש תחילה לבחור קובץ מסד הנתונים של שתוצאות תוכלו לראות. זה יכול להיות מושלם על ידי בחירת 'קובץ מסד הנתונים פתוח "ובחירת קובץ מסד הנתונים. קובץ מסד הנתונים לא חייב להיות הרשאות כתיבה. השרת אז יכול להיות שנכתב על ידי לחיצה על "התחל שרת". כאשר לוחצים, תווית מופיעה מתחת לכפתורים כדי להראות את כתובת ה- URL של דפדפן התוצאה.
דפדפן התוצאה נגיש כעת בכתובת האתר שבאמצעות דפדפן אינטרנט רגיל. הוראות לשימוש בדפדפן נמצאות בחלק הבא של מדריך זה. הדפדפן זמין עד שהשרת הפסיק עם הכפתור 'תפסיק שרת ".
גם tigreServer.py ניתן להשתמש עם ממשק שורת הפקודה. התחל את התסריט עם אפשרות '--help' לקבלת פרטים נוספים.
שימוש בדפדפן
בחירת בסיס הנתונים
בחירת בסיס הנתונים קובעת שתוצאות תהיה גלויות ברשימת התוצאות ובי סדר. בחירת הגדרת הניסוי משמשת לבחירת הסט של ניסויים. רק תוצאות מניסויים אלה יוצגו ברשימה.
הבא בבחירת בסיס הנתונים היא הבחירה של גורם שעתוק (TF) או סט היעד, תלוי אם דפדפן התוצאה מוגדר יעד מצב מצב או רגולטור דירוג דירוג (ראה התקנה). במצב יעד דירוג, בחירת TF נגיש ורישום התוצאות מכיל תוצאות עבור מטרות שונות עם TF נתון. במצב רגולטור בכיר, קבוצת היעד נבחרה והרישום יציג תוצאות עבור רגולטורים שונים.
ככל שמספר תוצאות יכול להיות גבוהים, התוצאות עשויות להיות מחולקות למספר עמודים. "מספר גנים בכל עמוד" בחירה יכול לשמש כדי להתאים את מספר התוצאות הראו. זה יכול להיות שימושי כדי להקטין את מספר התוצאות אם הדף נטען לאט עקב מספר עצום של תמונות.
לבסוף, הסדר שבו התוצאות הראו ניתן לשנות עם "מיין לפי" בחירה. התוצאות תמוין descendingly על פי הקריטריון נתון.
סינון
ניתן לסנן תוצאות לפי קריטריונים שונים. אפשר, למשל, להראות תוצאות רק לגנים שיש לי Z-ציון גבוה מסף מסוים.
ניתן לשלב קריטריונים מרובים כאשר סינון. קישור "[+]" יכול לשמש כדי להוסיף קריטריון נוסף. קריטריון ניתן להסיר גם באמצעות "[-]" קישור (לא הראה כאשר יש רק קריטריון אחד). כאשר קריטריונים מרובים משמשים, תוצאת גן לעמוד בכל הקריטריונים להראתה ברישום.
סינון מופעל באמצעות "הפעל מסננים" תיבה.
הדגשה
אם הגנים באתר מכילים נתונים משלימים, יכולה להיות מודגשות תוצאות תוך שימוש בנתונים ש. אפשרויות הדגשה הזמינות הראו עם הצבעים הקשורים לאפשרויות אלה.
עבודות הדגשה על ידי הצגת תיבות צבעוניות מתחת לשמות הבדיקה ברישום התוצאה לגנים שיש להם נתונים משלימים התואם את הבחירה.
חיפוש
זה אפשרי לתוצאות חיפוש עבור גנים מסוימים. עבודות החיפוש על ידי הקלדת רשימה מופרדת בפסיקים של שמות גן או בדיקה לתיבת החיפוש. גם כינויי גן יכולים לשמש כערך חיפוש.
הצגת תוצאות
התוצאות לבחירת הנתונה של בסיס הנתונים, מסננים, מדגיש וחיפוש תהיה הראו כאשר הכפתור "שלח" לוחץ. מסד הנתונים לאחר מכן ניתן יהיה שאילתא לתוצאות התואמות את הבחירה נתון. "איפוס" כפתור ניתן להשתמש כדי לנקות את כל הבחירות וtextfields.
תוצאות הרישום מכיל מספר עמודות. בעמודה הראשונה שם בדיקה מוצגת עם GENENAME הקשורים לבדיקה. ליד שם הגן, היא דמות ביטוי גנים אם אחד מוגדרת באתר. הטור הבא מכיל את התוצאות בפועל לגנים. כל הנתונים משלימים מוצגים גם כאן. נתוני ניסוי יוצגו לצד ערכי התוצאה.
. לבסוף, פרמטרים ניסוי, אם הוכנס לתוך מסד הנתונים, יוצגו כשולחן ליד הדמויות
דרישות :
- > פייתון
תגובות לא נמצא