צילום מסך תוכנה:
זה הדגמת 4 שבועות מתפקדת במלואה של Workbench CLC משולב אגרגטים כל רצף ה- DNA וניתוחים של CLC ג'ין Workbench וכל רצף חלבון מנתח של Workbench חלבון CLC. כל הניתוחים משולבים במלואם באחד יישום תוכנה אחת, ידידותי למשתמש, ואינטואיטיבי
מה חדש במהדורה זו:.
שיפורים
- עודכן רשימת אנזים הגבלה מ REBASE & nbsp;.
- תוקנה בעיה עם הריצה תפציץ על MacOS סייר
- קישורי PFAM עודכנו & nbsp;. שדווחו על ידי Pfam כלי חיפוש דומיין
- תוקנה בעיה הציג & nbsp;.. CLC ראשי Workbench 7.7.2 שבו אנזימים בסדר אלפביתי לאחר RdeGBI היו חסרים מידע מתילציה
- תיקוני באגים קלים שונים
מה חדש בגירסה 7.7.2:
זרימות עבודה
- פלטי Workflow יכול להיות מוגדר כעת כך המשנה להכיל את פלטי נוצרים.
- placeholders החדש זמין במסגרת קביעת השמות של תפוקות עבודה: {user}, {מארח}, ועבור אלמנטים של החותמת של אובייקט הפלט, {שנת}, {חודש}, {יום}, {שעה}, {דקות}, {שני}.
- מצייני מיקום בתוך שמות עבודת פלט שהיו זמינים בעבר רק ספרות כעת ניתן להגדרה באמצעות שמות כתובים: {שם} הוא המילה נרדפת {1} ו {קלט} הוא נרדפות של {2} .
-
כאשר באמצעות {2} מציין מיקום עבור מותאמת אישית למתן שמות באלמנטים פלט עבודה, תשומות נעולים בלבד ייכלל בשם שנוצר.
-
ה- PDF שנוצר מראה את כל הפרמטרים המוגדרים של זרימת עבודה, ערכים עבור פרמטרים הקשורים לכלי או אלמנט קלט כעת לפרט את שמות המאפיינים הבולטים. בעבר רישומי הפרמטר עבור אלמנטים כגון נותרו ריקים.
-
היכן שם כלי השתנה ב עבודה, השם המקורי עכשיו כלול לצד שמו השתנה כאשר יצוא פרמטרי עבודה.
-
ההיסטוריה לאור אלמנטי נתונים שנוצר באמצעות זרימת עבודה כוללת כעת מידע על העבודה שיצרה אותם.
- סדר הכלים בתהליך העבודה על "הוסף אלמנט" בתפריט עכשיו תואם את הסדר בתפריט Toolbox Workbench.
- אימות עבודה משופרת כדי לסייע למשתמש בזיהוי תשומות תתעלמנה בשל התצורה של אלמנטי זרימת העבודה.
& nbsp;
לְהַשִׁיק
& nbsp;
- כלי ההפעלה המהיר נמצא עכשיו תחת תפריט ארגז כלים במקום תפריט הצגת השקת כפתור בשם זה מעלה הכלי הזה נוסף לסרגל הכלים.
-
ניתוחים כעת ניתן השיקו על אלמנטי נתונים מפורטים בטבלת התוצאות של חיפוש מקומי על ידי בחירת האלמנטים של עניין, לחיצה ימנית עם העכבר וניווט דרך תפריט ההקשר שמופיע.
& nbsp;
מידע נוסף
& nbsp;
- & nbsp; & nbsp; ". הסר אגוד (הים)" אפשרות להסרת עמותות מטה מן אלמנטי נתונים שנבחרו נוספה חטא נוף אלמנטי Metadata ב תפריט הקשר קליק ימני
-
המידע הנוסף מצאו נתונים המשויכים לראות את הכתובת היא עכשיו גם אפשר להשתמש מצאו בשטח ניווט כאשר מספר שורות נבחרות.
- בעת ייבוא metadata מגיליון אלקטרוני עם נוסחאות בה, התוצאה של הערכה של הנוסחה (כמובא ב- Excel) מיובא עכשיו ולא בנוסחה עצמה.
& nbsp;
כללי
-
כל שרת תקשורת צמח השדה כעת מוצפנת. (צמח השדה יהיה נעים כל שירותי האינטרנט בפרוטוקול HTTPS ביום 30 בספטמבר 2016). & Nbsp;
-
רשימת האנזימים מותקנים מראש של שולחן העבודה. & Nbsp; עודכנה מ REBASE
-
האפשרות "אינה מופיעה ברשימה" כבר הציגה כאפשרות סינון טבלה חדשה.
-
פרטים בקבוצה קרא מוצגים כעת בתצוגה מידע אלמנט של רשימות הרצף.
-
יבוא GenBank עכשיו גם מאפשר שמות הקבצים עם הסיומת 'GBFF'.
-
"מיין התיקייה" כלי משתמש כעת מיון נומריות קבצים ולפניה עם מספר.
- placeholders החדש זמין במסגרת קביעת השמות של פלטי יצואן: & nbsp; {User}, & nbsp; {מארח}, ועבור אלמנטים של חותמת של האובייקט פלט, {השנה}, & nbsp; {חודש}, & nbsp; {יום}, & nbsp; {שעה, & nbsp; {דקות}, & nbsp; . {השני} & nbsp;
- מצייני מיקום בתוך שמות יצוא פלט שהיו זמינים בעבר רק ספרות כעת ניתן להגדרה באמצעות שמות כתובים: {קלט} הוא מילה נרדפת {1}, {רחב} היא המילה נרדפת {2} ו {counter} הוא נרדף {3}.
מה חדש בגירסה 7.7.1:
- תוקנה בעיה שהתעוררה בעת ביצוע תהליכי עבודה עם כניסות מרובות באצווה, שבו שינויים מוגדרים מראש, קבוע תשומות שצוינו במהלך תהליך ההשקה לא מיושמות.
- תוקנה בעיה שבה השתמשו בכלי החיפוש מוטיב דיווחה באופן שגוי כל דיוק ההתאמה או 0% או 100%.
- תוקנה בעיה שבה מיון תיקייה תוך חיסכון לתוך זה יכול לעורר שגיאה.
- תוקן באג בדיאלוג במצב תצווה שיוביל שגיאה כאשר בעיות הקשורות למיקום קובץ או נתונים הבסיסי נתקלו.
מה חדש בגירסה 7.7:
מידע נוסף על יבוא - יבוא metadata בסיסי וקל. כלי זה משלים את הכלים הזמינים בעורך לוח metadata.
מה חדש בגירסה 7.6.4:
תיקון באגים- תוקן באג כאשר החיפוש עבור רצפים ב כלי NCB ייכשל להוריד רצפי נוקליאוטידים עם הודעת השגיאה "הרצפים הבאים לא שהורדו כהלכה.
- קבוע בעיה עם תפציץ בשלב צמח השדה של כלי צור חלבון דווח.
- תוקנה בעיה המוביל שגיאה במהלך הייצוא VCF שבו הנתונים המעורבים יובאו במקור קבצי VCF וערכי בתחום Qual היו מספרים שלמים & nbsp;.
- יצוא של נקודה צפה (עשרוניים) מספרי VCF & nbsp; הפורמט היה בעבר תלוי על המקום המצוין. זו תוקנה כך & nbsp; & nbsp המפריד עשרוניים;. עכשיו תמיד היא נקודה
- כאשר עושים אסוציאציה אוטומטית של metadata, ביומן עכשיו מראה אילו שורות metadata לא היו קשורים עם כל הנתונים.
- תוקן באג שמנע metadata מידע ידני לגשת מתוך Workbench.
- תוקן באג שבו עושה עמותה אוטומטית באמצעות שולחן metadata מאוחסן על שרת CLC ייכשל.
- עמותת נתונים אוטומטית מטפלת כיום עמותה מבוססת על קידומת של שמות נתונים למדי ומדויק התאמתו שם הנתונים כולו.
- שולחן metadata כבר לא צריך טור מפתח עבור השורות שלה להיות מזוהות באופן ידני עם אלמנטי נתונים.
- אפשרות לעקוף תפקידי metadata גלויים בעבר בתצורה של פלטי Workflow הוסרה.
- קבוע שגיאה קורית כאשר Workbench נתוני מיקום הצביע על קובץ במערכת במקום תיקייה. כעת יופיע כלא זמין באזור ניווט Workbench.
- תיאורי כלים מופעלים לכל הפרמטרים בעת קביעה וביצוע תהליכי עבודה.
- התחברות התהליך מתוך Workbench לשרת CLC חייב להשלים עכשיו לפני פתיחת url CLC יתחיל.
- תקן בעיה על מקינטוש שבו Workbench לא מוכר בתור מטפל בפרוטוקול מותאם אישית עבור CLC:. // כתובות
- הוחלט חריג מתרחש נדיר שיכולים להיות מופעל על ידי מיתוג עורך נוף בלחיצה כפולה.
מה חדש בגירסה 7.6.3:
תכונות חדשות ושיפורים
- מינון על אלמנטים נבחרים עכשיו זה אפשרי: זה היה אמור להיות מוגבל תיקיות שנבחרו .
- אפשר עכשיו לבחור "EST" כמו מסד נתונים בעת שימוש החיפוש עבור רצפים ב כלי צמח השדה.
- אשכולות היררכי של כלי דוגמאות כעת ניתן להורג כחלק זרימות העבודה בשרת.
- ניהול זיכרון משופר בעת טיפול אלמנטים דו"ח גדול.
- תיאורי כלים על עלים של עצי פילוגנטי חברה להציג תיאור של הרצף המצורף.
- מספרים כבר לא צרפו את שמות אלמנטי Workflow בעת יצירת עותק של זרימת עבודה באמצעות "פתח העתק של זרימת עבודה".
- ניהול metadata. עקוב אחר קבצי קלט ולייבא מידע מטא עבור דגימות שלך.
תיקוני באגים
- קבוע סוגיה המתרחשת נדירה שבו Workbench יציג הודעת שגיאה בעת התקנת 3 צד תוסף מורשה.
- תוקן בעיה שבה בחירה רשומה בטבלת תוצאות פיצוץ יכולה להדגיש את היישור השגוי בעורך הפיצוץ אם השולחן היה מסוננת או מיון.
- תוקנה בעיה שבה לחיצה על ביאור בעורך Primers עיצוב יכול להצמיח הודעת שגיאה.
- תוקן בעיה שבה הסברים שחצו את הקצוות של רצף חוזר יהיה להציב שגוי צפה רצף החוזר.
- תוקן באג שגרם שולחן העבודה שלו כדי להקפיא אם רצפים מסוימים הוצגו בתצוגה עגולה עם טיוח רדיאלי של תוויות.
- דוחות מיוצאים קבועים שיש את הסופר הלא במצבים מסוימים.
- תוקנה בעיה לפיה יצירת תיבת מגרש ומנהלת רכיב ניתוח יכול לפעמים להיות לרוץ עם טיעונים לא חוקיים, מה שמוביל הודעת שגיאה.
- התפוקה של כלי הפוך משלים רצף עכשיו מקבל את הסיומת -rc שצורפו לשם של הקלט במקום -1 לפני.
- תוקן באג ב לחזות כלי מבנה משניים כאשר האפשרות לחשב את פונקציית החלוקה נבחרה ממולקולות ארוכות (& gt; 1000 נוקלאוטידים).
- תוקנה בעיה שבה אפשר לא להתקרב לאחר התרחקות מלאה על גדולה מאוד זרימות עבודה.
- תוקן בעיה שמנעה בתיקיית שורש על Windows כוננים מלשמש בתור מיקום קובץ.
- תוקנה בעיה שבה עדכון התקנה קיימת ב- Windows תביא בקובץ .vmoptions שיימחק, מה שהופך את הריצה Workbench עם תצורת ברירת המחדל של Java.
מה חדש בגירסה 7.6.2:
תיקון באגים- נוסף לעקוף לבעית java שכתוצאה ממנה מדי פעם Workbench מוצגת שגיאת אינפורמטיבי ו מחייב הפעלה מחדש כדי להמשיך לעבוד.
- תוקן בעיה עם ריצה הפיצוץ בבית צמח השדה שבו שגיאה צמח השדה שנוצר על גבול השימוש ב- CPU שלהם חריגה לא שדווח בשקיפות בעקבות "אין להיטים" משודר במקום.
- תיקון יושם כדי למנוע חריגה בנסיבות כאשר הניקוי של קבצים שהורדו מן הפיצוץ נכשל.
- הפכו תרגום כלי התעלם מכל קוד גנטי המפורטים בטבלאות התדירות קודון. כל התרגום ההפוך ובכך היה ברירת המחדל לקוד הגנטי הרגיל.
- בעת התקנת עבודה עם נתונים ארוזים, זה כבר אי אפשר לבחור תיקייה לקריאה בלבד לאחסון הנתונים.
- תצוגה בסדר קבועה של "פורמט נתמך" כאשר יצוא אלמנטים משני עורך התיקייה או עורך החיפוש המקומי.
- תקן של קובץ הלא נכון פוטנציאל להינצל בעת עריכת קובץ מצא דרך עורך חיפוש המקומי.
- מגרש בתוך דוחות מוצגים כעת עם הגדרות לוח הצד השמורות שלהם.
- קבוע חיסכון צבעים שונים קו בחלקות דרך פאנל צד.
- אפשרות פנל הצד להראות אגדות עבור חלקה עם יותר מ -10 דגימות מופעלת כעת.
- תוקן בעיה שהובילה שגיאה בעת בצוע מגרשים עבור ערכות נתונים ריקות.
- תוקן בעיה שבה "רוקן את סל המחזור" האפשרות הייתה לפעמים שגוי זמינה.
מה חדש בגירסה 7.6.1:
תכונות חדשות ושיפורים
- יצואן GTF זמין כעת עבור Workbench הראשי.
- transcriptomics שולחנות ניסוי מדגם יכולים עכשיו להיות מסודר, גם עם מספר רב של שורות.
- שיפור Excel, HTML והיצוא טאבים של וריאנטים (בחר רק את ההסברים / עמודות שאתה צריך).
תיקון באגים
- קבוע שגיאה המשפיעה על "גזור רצף לפני / אחרי הבחירה" כלי בעורך השיבוט.
- תוקן הבאג שבו שמאלית ומייד אחריה-קליק ימני התפרשה ללחוץ לחיצה כפולה על OS X (ברשימת תוצאות חיפוש התמדה, בעץ ארגז הכלים, ובסופו של עורך העבודה).
מה חדש בגירסה 7.6:
תכונות חדשות ושיפורים- שירים:
- פלט אחיד כאשר להעשיר מסלולי גרסה ומסלולי ביאור עם עמודות שולחן נוספות. מסלולי פלט בכלים האלה יש את אותו המספר של עמודות טבלה הוסיפו ואת העמודות תמיד תהיינה באותו סדר. בעבר, אם עמודה הוסיפה היו ערכים ריקים עבור כל השורות וריאנט, זה היה הוסר מהשולחן האחרון, וכתוצאה מכך משתנה מספר וסדר יחסי של עמודות נוספות כאשר דגימות מרובות עובדו עם אותם הכלים / זרימות העבודה. כל העמודות נשמרות עכשיו, הקלת עיבוד במורד זרם של שולחנות יוצאים מתן התייחסות ויזואלית מיידית כמו שאליה העשרה / כלי ביאור יושמו, גם אם הם לא מייצרים שום תוצאות עבור מדגם מסוים.
- שולחנות מסלולי גרסה ומסלולי ביאור יכול עכשיו למיין ולסנן עמודות עם תאים המכילים מספרים מרובים.
- השיפור הצופה מסלול הגרסה עקב להראות את שינוי הרצף על הגרסה שניתנו.
- מסלולי גרף מציגים כעת ערכים שליליים מלאים כלפי מעלה כדי y = 0 (כצפוי).
- שברים עשרוניים מוגברים עבור מספרים כאשר יצוא שולחן ל- CSV, טקסט מופרד באמצעות טאבים, ו- Excel.
- שיפור הדיווח של טעויות הקשורות מעט מקום בדיסק.
מה חדש בגירסה 7.5.1:
- עכשיו זה אפשרי להפעיל זרימת עבודה ללא קלט אופציונלי.
- הכלי AAC לא ויסמנו גרסאות ב 3 'UTR עם שינוי ה- DNA ברמה שלהם בפורמט c.xxx HGVS. זה משפיע על כל ניתוח שנעשה עם GX-7.5 או קודם לכן מבוסס על מסלולי CDS Ensembl מ versons המבוגר. ניתוח AAC צריך להיות redone באמצעות GX-7.5.1 ביאור נכון.
- באג סינון Pfam קבוע. בעבר, Pfam רק דיווח על התחום הראשון של כל סוג בשאילתה וכתוצאה מכך תחומים רבים הוחמצו. אנו ממליצים למשתמשים המחקר שלו תלויה הסברים Pfam מחדש להפעיל את הכלי על הנתונים שלהם.
- תוקן באג בכלי 'מקסימלית סבירות תולדות הגזע "שנכשל בעת יצירת ערכי bootstrap עבור מערכי קלט מסוימים.
- קבוע בעיה עם גלילת הקבצים הרלוונטיים בעת בחירת אובייקטים כפרמטרי קוסמי כלי.
- תוצאות טקסט הפיצוץ שופרו כך שהם מציגים את השאילתה הנכונה ועמדות בנושא ללא קשר גדיל.
- קבוע בעיה שמנעה פעולות יפציצו בעת הבחירה לרוץ אלה על שרת CLC.
- עכשיו זה אפשרי להפעיל זרימת עבודה ללא קלט אופציונלי.
תגובות לא נמצא