Swiss-PdbViewer (aka DeepView) הוא יישום המספק ממשק ידידותי למשתמש המאפשר לנתח כמה חלבונים באותו הזמן. יכולים להיות על גבי החלבונים כדי להסיק מערכים מבניים ולהשוות את האתרים שלהם פעילים או כל חלקים רלוונטיים אחרים. מוטציות חומצת אמינו, H-אגרות חוב, זוויות...