ספינדל הוא גישה חלופית לזיהוי ביולוגי המבוסס על האורך של אזורי RNA ריבוזומלי (rRNA) גן. באופן כללי, מערכים של רצפי גני rRNA העיקרי ממינים שונים מראים אזורים לסירוגין של שימור נוקלאוטיד ווריאציה, הן מבחינת החלפות נוקלאוטיד (נקרא בדרך כלל "SNPs") והחדרה / מחיקת אירועים (indel). הנוכחות של תוצאות indels ברצפים באורכים שונים ומציגה פערים ביישור, מסומנים בדרך כלל על ידי מקף "-".
הרעיון שלנו לזיהוי ביולוגי משתמש ברצפי גני rRNA כדלקמן: אזורי שימור משמשים להגדרת מגזרים משתנים ("אזורי ספינדל hypervariable") שבו שילוב של רצף אורכים אופייני לכל מין ("פרופיל ספינדל"). כך, ניתן להגדיר כל מין על ידי פרופיל מספרי ייחודי.
בתאוריה, סקר של רק 6 אזורי hypervariable עם 20 אללים כל (או אזורים 11 עם 5 אללים כל אחד) הוא מספיק כדי להפלות כל מינים האיקריוטים על פני כדור הארץ, הנאמדים בסכום של בין 5 ל -15 מיליון במספר. בפועל, ספינדל הוא מסוגל להבחין 93.3% ממינים האיקריוטים עם וריאציה intraspecific נמוכה ורזולוציה גבוהה פילוגנטי.
תגובות לא נמצא