SeedWaterSegmenter הוא כלי Python גרפי אינטראקטיבי קטע ערימות תמונה של תאים ברקמה עם קצה-תוויות & nbsp (aka קווי המתאר לבן.);. האינטראקציות מבוססות כולו על העריכה של זרעים, אשר בתורו הרחיבה על ידי קו פרשת מים אלגוריתם. ההבדל העיקרי בין SWS וכלים אחרים הוא שאתה יכול למקם את זרע אחד או יותר לכל תא שיכול לעזור לך להתאים את הגבולות של תאים קשים.
SWS בנוי על גבי wxPython, matplotlib, numpy, scipy, וmahotas.
בבסיסה, היא משתמשת באלגוריתם פרשת מים במהירות הבזק (הודות לפרויקט mahotas) ומאפשרת עדכונים בזמן אמת. יש לה פשוט (אם עמוס) ממשק משתמש והוא אינטראקטיבי לחלוטין, אפילו כוללים ביטול ברמה 1.
הפרסום על SWS שנותן את כל הפרטים האלה ועוד בCytometry החלק א ':
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
קוד מקור של שיקוף לארבעה מאגרים וPyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
דף Google Code יש גם כמה הודעות לינארי (http://code.google.com/p/seedwater/) שצריכה לעבוד על 32-bit Windows או 64-bit Linux, אבל עכשיו אלה הם ישנים. אנא השתמש בשיטה "easy_install" עכשיו.
לפרטים נוספים, ראה Python התקנת הוראות 20XX.txt ייתכן גם רוצה לקרוא את המדריך: SeedWater Segmenter xx V Manual.txt
התקנה והפעלה
התקנה קלה סוף סוף!
למעשה, אתה יכול עכשיו "easy_install SeedWaterSegmenter"
הוראות מהירה:
Windows / Mac:
& Nbsp; התקן Enthought Python הפצת http://www.enthought.com/products/edudownload.php
אובונטו / דביאן:
& Nbsp; פיתון-wxtools פיתון-numpy פיתון-xlwt sudo apt-get install פיתון-setuptools פיתון-scipy פיתון-matplotlib פיתון ההדמיה פיתון-xlrd
בחלון cmd (חייב לרוץ כמנהל תחת Windows Vista / 7) או Terminal (Mac / Linux), להריץ:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
הוראות מפורטות:
הגרסה העדכנית ביותר נקראת:
"פייתון התקנת הוראות 2012.txt אוגוסט"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python התקנת הוראות 2012.txt אוגוסט
דרישות :
- < li> Python
תגובות לא נמצא