סלולארי אלקטרופיזיולוגיה סביבת הסימולציה (CESE) היא מסגרת מקיפה שתוכננה במיוחד כדי לבצע סימולציות אלקטרו חישובית, למשל, סימולציות של פעילות החשמלית של הלב myocyte.
תא אלקטרופיזיולוגיה סביבת סימולציה שימושית לסימולציות של פוטנציאל פעולה, זרמים יוניים בודדים, ושינויים בריכוזים יוניים.
CESE היא תכנית פלטפורמות, זה פועל על כל מערכת שיש סביבת זמן הריצה ג'אווה גרסה (JRE) 1.4 ומעלה. זה היה נבדק על Windows, Linux, Solaris, MacOS X, וAIX.
משתמשי CESE
CESE היא סביבה משולבת לביצוע סימולציות חישוביות באמצעות מגוון של מודלים אלקטרו.
בשלב זה CESE מאפשר יצירה וביצוע של דגמי התא הבודד (המכילים את שני הודג'קין-הקסלי (HH) וניסוחים הנוכחיים Markovian). מודלים של פעילות החשמלית של myocytes לב עם קוד מקור כלולים בהפצת CESE. אנו מקווים להרחיב את מספר הדגמים הזמינים, ולהוסיף מודלים עצביים מסוימים בעתיד.
הכוח העיקרי של CESE הוא באחידות & # 65533; ממשק תוכנה נשאר זהה לסוגים שונים של מודלים. אתה יכול בקלות לעבור בין דגמים ולהשוות תפוקות סימולציה. ניתן לשנות פרמטרים במודל, שנבחרו לפלט ו / או מהודק באותו אופן סטנדרטי,.
CESE מרחיב את משמעות אלקטרו הקונבנציונלית של "מהדק המתח". אתה יכול לצבוט כמעט כל משתנה מודל, כוללים מתח (פוטנציאל קרום), מוחלט או פרט זרמים יוניים, ריכוזים יוניים, טמפרטורה, משתנה gating, וכו 'פקודות ההידוק יכולות להיות פונקציות חתיכה חכמה-מורכבות, בנפרד נקבעו למשתנה המודל של עניין . זו פותחת אפשרויות אינסופיות לחקר התנהגות מורכבת מודל.
CESE מספק חזותי נתונים פשוטים, אך יעיל. ניתן להציג תוצאות סימולציה בצורות גרפיות ונספרו. יכולות להיות מותאמות אישית חלקות, ואזורים של עניין המוגדל.
למרות CESE לא נועד להיות כלי לניתוח נתונים, אתה יכול ליצור יחסים נוכחי מתח (I-Vs) ולחשב פרמטרים סטטיסטיים לאות ניתנה במסגרת התכנית. אתה יכול לייצא את הנתונים ל- ASCII, קובץ טקסט אקסון (ATF), ופורמטי NetCDF להמשיך ניתוח בחבילה האהובה עליכם.
מפתחי CESE
CESE נוצר מהיסוד כדי לשלב את שיטות העבודה הטובות ביותר בתכנות זמינה למפתחי ג'אווה, הן מבחינת עקביות ממשק משתמש ובהירות קוד ושימוש חוזר. בכל מקום אפשרי, CESE להסתמך על ממשקי API Java הזמינים (לדוגמא Java2D, JavaBeans, JAXP) כדי לפשט את הקוד.
יצירת מודל דורשת מספר פונקציות הבית-שמירה להיות מקודדות & # 65533; אלה כוללים אינטגרטורים יודו, שגרה לטיפול בפרמטרי מודל, שמירה / שחזור מדינת מודל, לדמיין תוצאות סימולציה, וכו 'CESE מספק לך עם יישום לשגרה אלה, ומכאן, אתה יכול להתרכז בכתיבת הקוד לנוכחי בטון יוני (ים), ו CESE יטפל בשאר.
CESE לא מנסה ליצור מסגרות תכנות מסובכות ב65533 משלו & #; ולא, הוא מנצל ממשקי API Java ליבה. לדוגמא, מודלים הם רכיבי Java העומדים במפרט JavaBeans. אנו משתמשים ב- XML כדי לציין פקודות clamping, והמשכי אובייקט Java כדי להציל / לשחזר פרמטרים מודל.
מה חדש במהדורה זו:
תגובות לא נמצא