צילום מסך תוכנה:
פרטי תוכנה:
גרסה: 2.2.26
טען תאריך: 15 Apr 15
רשיון: ללא תשלום
פופולריות: 19
יסוד מקומי יישור חיפוש כלי הוא בפיצוץ קצר הוא קבוצה של תוכניות חיפוש דמיון נועדו לחקור את כל הרצף זמין מסדי נתונים ללא קשר אם השאילתה היא חלבון או DNA.
היא משתמשת באלגוריתם היוריסטי המבקש מקומי בניגוד למערכים הגלובליים, ולכן הוא מסוגל לזהות קשרים בין רצפים אשר חולקים רק אזורים בודדים של דמיון.
זה יכול להיות מנוהל באופן מקומי כהפעלה מלאה, וניתן להשתמש בו כדי להפעיל את החיפושים תפציץ נגד מאגרי מידע פרטיים, מקומיים, או להוריד עותקים של מסדי נתונים צמח השדה. היא פועלת על מערכת ההפעלה Mac OS, Win32, Linux, Solaris, AIX של יבמ, SGI, Compaq OSF, וHP- UX מערכות
מה חדש במהדורה זו:.
<>- שיפורים:
- תיעוד משופר, כולל הוראות התקנה פשוטות, זמינות בhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- תמיכה נוסף עבור קשה מיסוך של מסדי נתונים פיצוץ.
- שיפור ביצועים של makeblastdb עבור קלט FASTA עם מספר גדול של רצפים, לשפר את בדיקת שגיאות.
- אפשר אפשרויות Hit הטובות ביותר וXML עיצוב למצב Blast2Sequences
- אפשר רצפי שאילתא מרובים עבור psiblast.
- אפשר מפרט של כל רצף יישור רצף מרובה כהורים עם טיעון psiblast -in_msa.
- הוסף טיעון -input_type אופציונאלי לmakeblastdb.
- תמיכה נוסף עבור שאילתא והאורך כפוף לפלט טבלאי.
- ביצועים של טיעון -seqidlist השתפרו.
- המינימום של מספר התיאורים והמערכים משמש כיום לטבלאי ופלט ב- XML (עולה בקנה אחד עם ההתנהגות של יישומי blastall המבוגרים).
- תיקוני באגים:
- Makeblastdb ובעיות blastdbcmd עם ניתוח, אחסון, אחזור ומזהה רצף.
- מזהה נושא חסר בפלט טבלאי.
- -num_alignments התעלמות Blast_formatter ו-num_descriptions
- פורמט ארכיון פיצוץ ניתן להציל באופן שגוי עם שאילתות מרובות.
- Blast_formatter הוקם חיבור לרשת שאינה נחוצה.
- Blast_formatter לא הציל את מיסוך מידע בצורה נכונה.
- Rpstblastn עלול לקרוס אם מחפש רצפים רבים.
- megablast אינדקס לא לפעול במצב ריבוי הליכי.
- כותרת השאילתה בPSSM נשמר על ידי psiblast לא יאוחסן.
- כישלון אפשרי לפעול במצב ריבוי הליכי עם שאילתות מרובות או רצפי מסד נתונים גדולים.
- Tblastn פועל עם מיסוך מסד הנתונים עלולים להחמיץ משחקים.
- פלט קטוע עבור קלט רצף עם רווחים מיותרים בdefline
- בעיה עם קבצים בינאריים MacOSX על MacOSX 10.5
מה חדש בגרסת 2.2.24:
- מציג פורמט הארכיון תפציץ להתיר לעצב מחדש של stand- פיצוץ לבד חיפושים עם blast_formatter.
- זה מוסיף תמיכה למיסוך רך נושא מתורגם במסדי נתוני הפיצוץ.
- זה מוסיף תמיכה בפעולות הפלט בפורמט תפציץ Trace-הגב (btop).
- זה מוסיף אפשרויות שורת הפקודה לblastdbcmd לרישום מאגרי מידע תפציץ זמינים.
- ביצועים משופרים של עיצוב של חיפושי פיצוץ מרוחקים. משתמש קוד יציאה עקבי מתנאי זיכרון.
- תיקון לבאג בmegablast הצמוד עם מסדי נתונים תפציץ מופרד במרחב מרובה.
מה חדש בגרסה 2.2.19: נתיבים
- משתנה סביבת BLASTDB תומך כעת מרובים חיפוש באתר . במידת האפשר, שולחן בדיקת חלבון קטן יותר משמש לשיפור ביצועים.
תגובות לא נמצא