Swiss-PdbViewer (aka DeepView) הוא יישום המספק ממשק ידידותי למשתמש המאפשר לנתח כמה חלבונים באותו הזמן. יכולים להיות על גבי החלבונים כדי להסיק מערכים מבניים ולהשוות את האתרים שלהם פעילים או כל חלקים רלוונטיים אחרים. מוטציות חומצת אמינו, H-אגרות חוב, זוויות ומרחקים בין האטומים קלים להשיג הודות לממשק הגרפי ותפריט אינטואיטיבי.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) כבר פתח מאז 1994 על ידי ניקולס Guex. השוויצרי-PdbViewer קשור קשר הדוק לSWISS-מודל, שרת דוגמנות הומולוגיה אוטומטי שפותח במכון השוויצרי של ביואינפורמטיקה (SIB) בקבוצה ביואינפורמטיקה המבנית בBiozentrum בבאזל.
עבודה עם שתי תוכניות אלה מקטינה באופן משמעותי את כמות העבודה הדרושה כדי ליצור מודלים, כפי שאפשר להשחיל חוט ברצף חלבון עיקרי על תבנית 3D ולקבל משוב מיידי בנוגע לחלבון הליכי יהיה מקובל על מבנה ההתייחסות לפני הגשת בקשה לבנייה חסרות לולאות ולחדד את אריזת sidechain.
Swiss-PdbViewer יכול גם לקרוא מפות צפיפות אלקטרונים, ומספק כלים שונים כדי לבנות לצפיפות. בנוסף, מודלים כלים שונים יכולים להיות שנוצרו קבצים משולבים והפקודה עבור חבילות פופולריות מזעור האנרגיה.
לבסוף, כבונוס מיוחד, יכולות להיות שנוצרו סצנות POV-Ray מהתצוגה הנוכחית על מנת להפוך את התמונות באיכות-ray לייחס מדהימות.
מה חדש בהודעה זו:
<>
תגובות לא נמצא