טפיר הוא כלי פייתון המכיל תוכניות להעריך ולתכנן האינפורמטיביות פילוגנטי למערכי נתונים גדולים.
טפיר מצטט
בעת השימוש בטפיר, נא לציין:
- Faircloth לפנה"ס, צ'אנג J, אלפארו ME: טפיר מאפשר ניתוח תפוקה גבוה של האינפורמטיביות פילוגנטי.
- טאונסנד JP: אפיון האינפורמטיביות פילוגנטי. Biol השיטתי. 2007, 56: 222-231.
- בריכת SLK, פרוסט SDW, המוזה SV: Hyphy: השערת בדיקת phylogenies משתמש. ביואינפורמטיקה 2005, 21: 676-679.
התקנה
לרגע, הדרך הקלה ביותר כדי להתקין את התכנית היא:
git git שיבוט: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / נתיב / ל / טפיר
כדי להפעיל בדיקות:
cd / נתיב / ל / טפיר /
מבחן פיתון / test_townsend_code.py
שימוש
קוד estimate_p_i.py קורא קובץ אצווה לHyphy שהוא ב/ תבניות. קובץ זה צריך להיות באותה עמדה ביחס לכל מקום שאתה שם estimate_p_i.py. אם תתקין מדלל כאמור לעיל, אתה תהיה בסדר, לרגע.
לרוץ:
cd / נתיב / ל / טפיר /
פיתון tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - פלט Output_Directory
& Nbsp; - עידנים = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - פעמים = 37,93,100,170
& Nbsp; - ריבוי
--multiprocessing הוא אופציונאלי, בלי זה, כל מוקד יהיה לרוץ ברציפות.
אם כבר אתה מפעיל את התוצאות לעיל ויישמרו בתיקיית הפלט שלך (ראה להלן), אתה יכול להשתמש באתר רשומות-השיעור קיים מראש ולא מעריך אותם שוב עם:
פיתון tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - פלט Output_Directory
& Nbsp; - עידנים = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - פעמים = 37,93,100,170
& Nbsp; - ריבוי
& Nbsp; - אתר שיעורים
תוצאות
טפיר כותב תוצאות למסד נתוני SQLite בספריית הפלט על פי בחירתך. ספרייה זו מחזיקה גם עבור כל מוקד עבר tapir_compute.py קבצי שיעור אתר בפורמט JSON.
אתה יכול לגשת לתוצאות באתר כדלקמן. לדוגמאות נוספות, כוללים מזימות, עיין בתיעוד
- לארכב SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / פילוגנטי-informativeness.sqlite
- לקבל נתונים נפרד לכל התקופות:
& Nbsp; לוקוס בחר, מרווח, pi מלוקוסים, מרווח שבו loci.id = interval.id
- לקבל נתונים נפרד לתקופה מסוימת:
& Nbsp; לוקוס בחר, מרווח, pi מלוקוסים, מרווח
& Nbsp; שבו מרווח = 95 -105 'וloci.id = interval.id;
- לקבל את הספירה של מקס לוקוסים שיש (PI) בתקופות שונות:
& Nbsp; ליצור מקסימום טבלה זמני כאיד בחר, מקסימום (PI) כמקסימום מקבוצת מרווח לפי תעודת זהות;
& Nbsp; ליצור t טבלה זמני כinterval.id בחר, מרווח, מקסימום ממרווח, מקסימום
& Nbsp; בי interval.pi = max.max;
& Nbsp; בחר מרווח, לספור (*) מקבוצת T על ידי מרווח;
תודות
אנו מודים Francesc לופז-Giraldez וג'פרי טאונסנד שספק לנו עותק של קוד מקור יישום האינטרנט שלהם. . תודה BCF S Hubbell וP גואטי
דרישות :
- פייתון
- SciPy
- NumPy
- DendroPy
- hyphy2 (בבקשה להוריד או לבנות hyphy2 של הליכי משנה בודד)
תגובות לא נמצא