SSuMMo היא ספרייה של פונקציות תוכננו סביב איטרטיבי באמצעות hmmer להקצות רצפים למינים & nbsp;. תוצאות הן עצים מבואר מאוד מראים מינים / סוג הפצה בתוך הקהילה ש.
תוכניות כלולות בקוד המקור כוללות כלים ל: -
- בניית מסד נתונים היררכיים של מודלי מרקוב נסתרים - dictify.py;
- להקצות לרצפי שמות הטקסונומית מוכרים - SSUMMO.py;
- לנתח מגוון ביולוגי, באמצעות סימפסון, שאנון וrankAbundance.py methods- אחר;
- לחזות תוצאות כcladograms עם יכולת להבדיל בקלות-להשוות צלב מערכי נתונים - comparative_results.py
- להמיר תוצאות לפורמט phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- ייצוג html לבנות - dict_to_html.py.
- עקומות ואקום עלילה ולחשב מדדים מקבילים מגוון ביולוגי
קוד מקור Python מסופק כאן, על הקוד של גוגל. מסדי נתונים המוכנים מראש היררכיים של הממ, כמו גם מסד נתונים SQL טקסונומיה מותאם (המשמשים להסקת שורות של כל taxon) ניתן להוריד מ: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
להתקנת מידע, עיין בREADME. לקבלת מידע שימוש, יש wiki (לעיל), ומדריך למשתמש ראשוני נוסף לתא מטען svn
דרישות :.
- Python
תגובות לא נמצא