relax

להירגע הוא קוד פתוח פרויקט תוכנה מופץ באופן חופשי אשר תוכנן ללימוד דינאמיקה מולקולארית על ידי ניתוח נתוני תמ"ג הניסיונות, תמיכת מולקולות אורגניות, RNA, חלבונים, סוכרים, דנ"א, ביומולקולות רבות אחרות.

להירגע תומך בכמה תיאוריות NMR, מיישמת כלי ניתוח נתונים שונים כמו רכיבים מודולריים, וזה יכול להתממשק עם תוכניות אחרות, כגון דאשה ו Modelfree. בנוסף, הוא תומך במגוון רחב של תאוריות NMR, משלב כלי ניתוח נתונים שונים, מאפשר למשתמשים לדמיין נתונים, כמו גם אינטראקציה עם תוכניות אחרות.

למרות העובדה כי היישום מגיע עם שני CLI (שורת הפקודה Interface) ו- GUI (ממשק משתמש גרפי) חזיתי, מספר ממשקי משתמש הגרפי של צד שלישי (GUI) קיימים להירגע.

בין הסוגים הנתמכים של ניתוחים, להירגע יכול להתמודד עם פיזור הרפיה, בדיקות עקביות של תמ"ג שדה מרובה (תהודה מגנטית גרעינית) נתוני הרפיה, מודל N-מדינת מסגרת הסדר, ניתוח חינם-מודל, R1 ו- R2, נואי, RSDM (Reduced מיפוי צפיפות ספקטרלית), כמו גם חקירות סטראוכימיה.

על מנת להפוך את תהליך ניתוח הנתונים, ניתן ליצור תסריטים מורכבים מאוד באמצעות אבני הבניין. לשם כך, היזמים לספק תסריטים לדוגמא שונים שיעזרו לכם להבין את בניית התסריט כדי ליצור בקלות רבה יותר משלך.

מחפש מתחת למכסה המנוע, אנו יכולים להבחין כי התוכנית כתוב כולו בשפת התכנות Python ומשתמש Toolkit Qt GUI בפלטפורמות עבור ממשק המשתמש הגרפי שלה, מה שאומר שזה פועל על לינוקס, Microsoft Windows ו- Mac OS X מערכות הפעלה.

היישום זמין להורדה ארכיונים בינארי עבור רבים גנו / לינוקס במערכות הפעלה, תמיכה בשתי 32 סיביות (x86) או 64 סיביות (x86_64) ארכיטקטורות הוראה סט, כמו גם מקור tarball.

מה חדש בהודעה זו:

• תכונות:
• שיפורים רבים עבור האוסף של גרסת HTML של המדריך להירגע.
• עודכן להירגע לחסל את כל FutureWarnings מ numpy & ge; 1.9, כדי בעתיד הוכחה להירגע מפני שינויי התנהגות numpy קרובים.
• יכולת להתמודד משוכפל R2, נקודות נתוני EFF על ידי פונקצית המשתמש relax_disp.r2eff_read, אבל מוסיף 0.001 לערך התדר עבור הנקודה המשוכפלת.
• סקריפט מדגם חדש לטעינת קובץ תוצאות מודל ללא ובחזרה-חישוב נתוני הרפיה.
• שיפורים עבור הטיפול במידע מבני PDB.
• יישום פונקציה המשתמש structure.pca לביצוע ניתוחים מרכיב עקרוני (PCA) של אנסמבל של מבנים.
• הוספת תסריט פריסה מהירה על תשתית Google Cloud Computing.
• שינויים:
• תקן עבור המטריצה ​​כדי מסגרת תואר 2 מודל הסדר מסגרת נוקשה במדריך. הסמל השגוי בשימוש.
• הסיר את גדרות newparagraph ו newsubparagraph ממדריך LaTeX. אלה היו לגרום להתנגשויות עם latex2html, מניעת גרסת HTML של המדריך מלהיות הידור. הגדרות אלה הן מיותרות עבור ההגדרה הנוכחית של החתך במדריך.
• Modified הכיתובים הקצרים בפרק מודלי מסגרת החדש של המדריך. הדמות הרוני a> ž הוחלף פשוט על ידי 'Daeg'. זאת בשל חוסר תאימות עם latex2html המונע במדריך HTML מלהיות הידור.
• הסרת ההגדרה של עמודת טבלה ברוחב קבועה מן המבוא הידני LaTeX. זה נדרש כמו הפסקות ההגדרה latex2html תאימות, גרימת שחיתות מספור הנתון שמתקבל בתמונות ב- HTML כדי להיות אקראיים בעצם.
• הסרת החבילה מבטאת לאפשר במדריך HTML כדי להיות הידור. חבילת LaTeX המבטאים אינה עולה בקנה אחד עם latex2html, כך את התיקון הקל ביותר הוא לחסל את החבילה.
• באופן ידני לסובב את אלמנט המטריצה ​​מסגרת כדי EPS דמויות ידני, עבור תאימות latex2html. ל'פיקוד 90 'סובב נמחק ותיבת התוחמת permuted בתור ג ד - & gt; ב -c ד -a. זה מאפשר טענת הזווית ב includegraphics {} הפקודה להישמט, כמו latex2html אינו מזהה זאת. היא מאפשרת הדמויות להיות נגישות בגרסת HTML של המדריך.
• עיצוב מחדש של הטבלה קינון פרמטר מסגרת כדי במדריך עבור תאימות latex2html. הטבלה משתמשת בחבילת tikz, שהוא קטלני עבור latex2html, גם אם לא נעשה שימוש. לכן שולחן docs / הלטקס / frame_order / קובץ parameter_nesting.tex הוסב מסמך LaTeX עצמאי ליצור גרסת postscript קצוצה של השולחן מעוצב tikz. סקריפט הידור נוסף גם כן. קובץ .ps * כתוצאה נכלל כעת לתוך קטע אינטגרצית נומרית PCS, ולא זו בסעיף יצירת טבלת tikz. כל טקסט המבוא tikz הוסר כדי לאפשר latex2html לרוץ.
• לעקיפת בעיה עבור latex2html לא להיות מסוגל להתמודד עם חבילת allrunes או הגופן קשור. בסביבת htmlonly הקדמות, הסמלים כדי מסגרת מוגדרים מחדש באמצעות הטקסט 'Daeg' ולא כתו רוני א '> ת.
• תיקונים עבור תת superscripts ברחבי במדריך. מציגה זה {} סביב כל textrm תת עילי {} מקרים. זה אינו נחוץ עבור גרסת PDF של המדריך כבעיה סוגר חסר הוא נמנע, אבל זה משפיע על גרסת HTML של המדריך שעורך latex2html, המחייב את הכיתוב הנכון. המתקן מיועד הוא בפרק מנת מסגרת החדש וכן בפרק פיזור הרפיה.
• עריכת תיקונים עבור להירגע 4.0.0 חלק מקובץ שינויים.
• עודכן ושיפרה את הוראות ויקי ב להירגע לשחרר מסמך checklist.
• עוד הוראת ויקי על בדיקת לינקים מתים במסמך השחרור checklist.
• שינויים קלים יותר אל החלק 'ההכרזה' של מסמך השחרור checklist.
• עודכן תסריט הפגז למציאת כותרים לחזור על עצמו קבצי LaTeX של המדריך.
• מרת הכותרת הכפולה מציאת פגז סקריפט לתוך סקריפט פייתון. תסריט פייתון הוא הרבה יותר מתקדם והשתמש יש היגיון שונה כדי ליצור לוח כותרים משוכפלים והספירה שלהם. התסריט גם מחזיר את סטטוס יציאה נכשל כאשר משכפל קיים.
• מרת הכותרת המשוכפלת מציאת סקריפט פייתון להשתמש מבנה מעמדי. זה מאפשר את התסריט להיות מיובא כמודול. הממצא לשכפל כבר העביר לתוך שיטה בכיתה למצוא ().
• שמם בכותרת לשכפל מציאת סקריפט.
• הוסר כותרת LaTeX הכפולה מציאת סקריפט מעטפת. זה מטופל כעת על ידי סקריפט פייתון מתקדם הרבה יותר.
• לקט Scons של מדריכים בפורמט PDF ו- HTML עכשיו בודק כותרות משוכפלים. מטרת replicate_title_check חדשה נוספה תסריטי scons. זה קורא ממצא (שיטה) של תסריט ממצא הכותרת לשכפל LaTeX כדי לקבוע אם כותרות כל משוכפלים, ואם כך scons למקד וחוזר עם sys.exit (1) שיחה. יעד זה נקבע תחילת user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, מטרות scons user_manual_html_nofetch. התוצאה היא כי במדריך לא ניתן להדר אם כותרות לשכפל קיים, מה שאילץ את כותרות להיות שונה. התוצאה תהיה כי דפי HTML יהיו כל להיות ייחודיים, כתוצאות כותרות משוכפלות רק אחד דף HTML נוצר עבור כל החלקים.
• ביעור הכותרות משוכפלות במקורות LaTeX כי הפרקים כדי מסגרת החדשים הציגו.
• הסרת תואר משוכפל ישן במקורות LaTeX עבור במדריך. זוהי הכותרת "ניתוח דגם ללא 'המשמש בפרק ניתוח ספציפי כולו וכן עבור בסעיף הניתוח ללא מודל של ערכים, הדרגתיים, ו ההסים לפרק אופטימיזציה.
• תיקונים ותדפיסים משופרים עבור scons יעד replicate_title_check.
• עודכן כל להירגע כדי להגן מפני שינויים עתידיים המתרחשים חבילת פייתון numpy. מגרסת numpy 1.9, את FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: בהשוואה `None` תביא השוואת אובייקט elementwise בעתיד. נתפס אצל אחוז גדול מכלל להירגע פונקציות המשתמש. זה נתפס והפך RelaxWarning עם אותו המסר. הסוגיה היא שההתנהגות של מפעילי השוואת == ו! = תשתנה עם גרסות numpy בעתיד. אלה הוחלפו ומה אינו ברחבי הבסיס להירגע קוד. שינויים גם נעשו חבילות minfx ו bmrblib להתאים.
• הגנה בעתיד עוד מפני שינויים numpy. FutureWarning הוא `rank` לא מומלץ לשימוש; להשתמש `התכונה או הפונקציה ndim` במקום. כדי למצוא את הדרגה של מטריצה ​​לראות `numpy.linalg.matrix_rank`. לכן paramag_info שיטת הפונקציה N-מדינה למופת היעד () עודכנה להשתמש בתכונה .ndim ושימוש כבר numpy.rank () function.
• יצר את מערכת בדיקת Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. זה נועד לתפוס את באג # 23,933, את "NameError: שם העולמי 'מזהים' אינו מוגדרים" בעיה בעת טעינת נתוני הרפיה. גרסה מקוצרת של הנתונים בקובץ והרפית PDB, הגירסות המלאות אשר מצורפות לדוח באג, מורכב אך ורק שאריות 329, 330, ו- 331 נוספו ספריות נתונים המשותפות חבילת בדיקות, ומבחן המערכת בכתב לתפוס את NameError.
• עודכן במבחן מערכת Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids לתפוס את RelaxMultiSpinIDError. זה מאפשר את בדיקת המערכת לעבור, כמו RelaxMultiSpinIDError צפוי.
• עודכן הגרסאות minfx ו bmrblib במסמך שחרור רשימת ביקורת 1.0.12 ו 1.0.4. זאת על מנת להסיר את הודעות FutureWarning numpy על אף == ו =! אין השוואות למבני נתונים numpy, אשר בעתיד ישתנה בהתנהגות.
• הגדיל את Gna! ידיעת חתך עומק במסמך השחרור checklist.
• מורחב בתיאור פונקצית משתמש sequence.attach_protons. זה נובע http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• נוסף נתונים ראשוניים עבור נתוני בדיקות מפול Schanda. זה יהיה להדגים כי ישנן מספר אפשרויות על מנת לשפר את R2, שיטת נקודת EFF.
• נוסף במבחן מערכת Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. זה יתפוס את השאלת ערכי נאן.
• Made בדיקה נוספת בקריאת רצף, שערכי נאן מדלגים.
• וודא שנקודת ההרץ המשוכפלת 4000 לצורך ניסוי 950 MHz אינה מוחלפת.
• במהלך בדיקת מערכת Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, הוסיף מבחן ספירת R2, ערכי EFF. זה מראה כי R2 המשוכפל, EFF בנקודת 950 MHz / 4000 רץ הוא מוחלף. פתרון יכול להיות לשנות את תדר פיזור מעט מאוד, כדי לאפשר תוספת של נקודת נתונים.
• נוסף לערוך בדיקות נוספות כדי Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. זה יראה כי משכפל של R2, ערכים EFF הוא לא טיפל היטב.
• בתוך הפונקציה של r2eff_read במודול נתונים של ההתפלגות, הוסיף האפשרויות לקרוא R2, ערכי EFF אשר משוכפלים. הדבר נעשה בדיקה ראשונה אם מפתח הפיזור קיים במילון R2, EFF. אם הוא קיים, להמשיך להוסיף 0.001 לתדר עד אפשרות חדשה קיימת. זה אמור לעזור להתמודד עם מספר רב של R2, נקודות EFF, כערכים נפרדים ולא לקחת כל החלטה סכום ממוצע של אותם.
• נוסף הציפייה של העלאת להירגע שגיאה, כמנסה העלילה ולא את המידע מודל מאוחסן.
• העלאת שגיאה אם ​​זוממים עקומות פיזור, ואין מודל נשמר.
• השתנה למשל סקריפט לניתוח נתונים.
• הרחבת בדיקת מערכת Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 לכלול ניתוח אוטומטי והתקפים התקבצו. זה אמור להראות כי הניתוח ניתן כיום.
• נוסף במצב זמני תסריט ההתקנה GUI לנתונים פול Schanda.
• נוסף במבחן GUI Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. זה יראה כי טעינת מדינה תיצור בעיה. Traceback (שיחת האחרון האחרון): TypeError:. Int (טיעון) חייב להיות מחרוזת או מספר, לא 'NoneType'
• נוסף תסריט לדוגמא עבור נתוני הרפית גב חישוב מקובץ תוצאות מודל חינם. האפשרות זו שימושית כאשר קובץ התוצאות אינו המודל הסופי, כקובץ תוצאות אלה אינו כולל את הנתונים מחושבים בחזרה. זהו בתגובה # בקשת תמיכה של כריסטינה מולר 3303.
• שימוש גארי lib.float.isNaN () במקום math.isnan (), יש תאימות לאחור עם פיתון 2.5.
• תקן עבור טעות כתיב ותיעוד את ההתנהגות החדשה של relax_disp.r2eff_read, בעת קריאת R2, EFF נקודות עם אותו תדר. אם הספין-מיכל כבר מכיל R2, ערכי EFF עם 'תדירות דופק CPMG' או 'עוצמת שדה נעילת ספין, התדירות שונתה לפי ערך קטן זעיר של + 0.001 הרץ. זה לאפשר כפילויות או יותר של אותו התדר.
• Modified האובייקט המבני הפנימי להיות פחות מושפע למתכונת PDB. המספר הסידורי PDB עכשיו טיפל בתבונה, בכך שהוא מאופס ל 1 כאשר מודל חדש נוצר. מידע זה נשמר עדיין לתמיכת ההיגיון של הקריאה הרשומה Conect, ו יבוטל בעתיד. המידע מזהה שרשרת לא עכשיו כבר מאוחסן באובייקט המבני הפנימי, כמו מידע זה שוחזר על ידי הפונקציה המשתמש structure.write_pdb על פי אופן שבו האובייקט המבני הפנימי נוצר.
• עדכונים עבור מערכת נואי מבנה כיתות המבחן עבור שינויי האובייקט המבניים הפנימיים. המספר הסידורי כעת ניתן לאפס, והמידע מזהה שרשרת כבר לא נשמר.
• נוסף קובץ הנתונים המשותפים חבילת בדיקות כדי לעזור ליישם את הניתוח המבני PCA. זהו N-מושלם של מתחם CAM-IQ המשמש לניתוח כדי מסגרת. זהו 5 המבנים הראשונים מתוך קריאה לפונקציה המשתמשים frame_order.distribute, עם-גופים קשיחים שונים התמזגו שוב ביחד לתוך מולקולה בודדת.
• נוצר הקצה הקדמי פונקציה המשתמש structure.pca. זה הוא מודל כרגע על מסגרת הפונקציה המשתמש structure.rmsd.
• יישום בסיסי של העורפי פונקצית משתמש structure.pca. זהו PCA החדשה () הפונקציה של מודול pipe_control.structure.main. זה פשוט מבצע בדיקות מסוימות, מרכיב את הקואורדינטות האטומיות, ואת ומעביר את השליטה להירגע pca_analysis ספרייה () הפונקציה של מודול lib.structure.pca כרגע לא הממומש.
• חלקי מיושם ניתוח PCA בספרייה להירגע. זה מיועד פונקציה המשתמש structure.pca החדש. מודול lib.structure.pca נוצר, ואת pca_analysis (הפונקציה) נוצרה כדי לחשב את מטריצת שונות המשותפת מבנה, דרך calc_covariance_matrix (הפונקציה), ולאחר מכן לחשב את הערכים העצמיים ווקטורים עצמיים של המטריצה ​​השונה המשותפת, ממיין אותם ואת המקצץ אל מספר רצוי של מצבי PCA.
• נוסף טיעוני אלגוריתם num_modes אל פונקצית משתמש structure.pca. אלו מועברות כל הדרך אל backend להירגע הספרייה.
• מיושם אלגוריתם SVD לניתוח PCA בספרייה להירגע. זה פשוט קורא numpy.linalg.svd ().
• ניתוח PCA בספרייה להירגע עכשיו מחשב את מבנה לכל תחזיות לאורך המחשבים.
• פונקצית ניתוח PCA בספרייה להירגע עכשיו חוזרת נתונים. זה כולל את ערכי PCA ו וקטורים, ואת תחזיות לכל מבנה.
• ערכי PCA ו וקטורים, ואת תחזיות לכל מבנה החברה מאוחסנים. זהו ב backend פונקציה המשתמש structure.pca במודול pipe_control.structure.main.
• נוסף הפורמט dir טיעוני פונקצית משתמש structure.pca. זאת על מנת חלקה הקדמי ואחורית מסתיימת.
• שינה את assemble_structural_coordinates () שיטה להחזיר מידע נוסף. זהו ממודול pipe_control.structure.main. הטענה בוליאני הרשימות מקובלת עכשיו אשר תגרום לפונקציה גם כדי להחזיר את הרשימה מזהה אובייקט לכל מולקולה, רשימת מספר דגם לכל מולקולה, והרשימה שם מולקולה לכל מולקולה.
• פונקציה המשתמש structure.pca החברה יוצרת גרפים של תחזיות PC. זה כולל PC1 לעומת PC2, PC2 לעומת PC3, וכו '.
• נוסף תוצאות PCA Gromacs עבור קובץ distribution.pdb. זה כולל תסריט שהנפיק בוצעו בכל חלקי Gromacs וכל קבצי פלט.
• עידכון התוצאות PCA Gromacs לגרסה 5.1.1 Gromacs החדש.
• נוצר מבחן מערכת Structure.test_pca ראשוני. הפעולה זו תריץ את הפונקציה המשתמשת structure.pca החדשה, ובדוק אם הנתונים מאוחסנים cdp.structure.
• שיפור הגרפים ב backend של פונקצית משתמש structure.pca. הגרפים מקובצים עכשיו אז מודלים שונים של אותו מבנה באותו צינור נתונים נמצאים במרחק סט גרף אחד. כותרת הגרף שופרת גם.
• מורחב בדיקות בדיקת מערכת Structure.test_pca להשוות לערכים מ Gromacs.
• מבנה משוקלל ממוצע יכול עכשיו להיות מחושב. זהו לתפקוד calc_mean_structure () של lib.structure.statistics מודול הספרייה להירגע. משקולות יכולות להיות מסופקות עם חברה עבור כל מבנה כדי לאפשר ממוצע משוקלל שתחושבנה וחזרו.
• נוספה תמיכה עבור מבנים משקיפים פונקצית משתמש structure.pca. זה מאפשר קבוצת משנה של המבנים נעשה שימוש בניתוח PC יש אפס משקל כך שמבנים אלה יכולים לשמש למטרות השוואה. Obs_pipes, obs_models, ויכוחי obs_molecules נוספו עד הסוף מול פונקצית המשתמש. על החלק העורפי משתמש זה כדי ליצור מערך של משקולות עבור כל מבנה. ופונקציות lib.structure.pca להשתמש אפס משקולות כדי להסיר את המבנים משקיפים מן החישובים במצב מחשב.
• יצר את מערכת הבדיקה Structure.test_pca_observers. בדיקה זו נעשית מושג המבנים המשקיפים החדש של הפונקציה המשתמש structure.pca.
• שיפור התדפיסים מניתוח מרכיב ספריית העיקרון להירגע. זהו בפונקציה pca_analysis () של מודול lib.structure.pca.
• תיקונים ושיפורים עבור הגרפים היוצר על ידי פונקצית משתמש structure.pca. הקבוצות השונות נוצרות כעת כראוי, מסומן עכשיו בחלקות.
• הוספת סקריפט לפרוס בדיקות, לפריסה מהירה ב- Google Cloud Computing. זה מיועד התכוון להתקין באובונטו 14.04 LTS.
• הרחבת סקריפט להתקנה.
• לשים התקנה לתוך פונקציות בכתב לפרוס.
• פיצול לפרוס תסריט לכמה פונקציות קטנות.
• הוספת דוחות בדיקה להתקין סקריפט.
• כאשר המקורות העיקריים של סקריפטים, מספר פונקציות ניתן לבצע במקום.
• רווחים נוספים להתקין סקריפט עבור הדפסה טובה יותר.
• הוספת תסריט הדרכה.
• הוספת 2 תסריטים הדרכה.
• תקן לטעויות קטנות ספין מזהה סקריפט הדרכה.
• נוצר מבחן מערכת ללכידה באג # 24,131, כישלון יצוא BMRB כאשר אובייקט SpinContainer כולל מאפיין S2, כפי שדווח על ידי מרטין Ballaschk.
• Modified במבחן מערכת Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition כדי לבדוק את RelaxError. תוצאות הבדיקה בתוך RelaxError, כמו את קובץ התוצאות אינו מכיל ספינים שנבחרו.
• נוסף במבחן מערכת Mf.test_bug_24131_missing_interaction לתפוס בעיה נוספת. זהו חלק באג # 24,131, כישלון יצוא BMRB עם אובייקט SpinContainer שאין ערך S2. עם זאת את התיקון הקודם של דילוג ספינים מסומנים הציג בעיה חדשה של להירגע עדיין מחפש את אינטראקציות interatomic בשביל זה ספין מסומן.
• תיקוני באגים:
• משוכפלות כותרות בגרסת HTML של המדריך להירגע, ומכאן משוכפל שמות קובץ HTML להחליף חלקים מוקדם, בוטל.
• תקן עבור באג # 23,933, את "NameError: שם עולמי 'מזהי' אינו מוגדר" בעיה בעת טעינת נתונים הרפיה. באג הוצג שוב בנובמבר 2014, והיא נובעת לאיזה קוד טיפול בשגיאות שלם. הבעיה היא שסוג הספין שנתוני ההרפיה שייך (@N לעומת @H) לא צוין. עכשיו RelaxMultiSpinIDError הנכון הוא הרים. משתנה המזהים לא היה קיימים -. זה היה קוד שתוכנן להתווסף, אבל אף פעם לא היה ונשכח
• תקן עבור משוואת CSA הקבועה בפרק המודל ללא במדריך. זה זוהה על ידי כריסטינה מולר ודיווח על להירגע למשתמשים לרשימת תפוצה.
• תיקון באג עבור האחסון של האובייקט המבני XML של קבצי מצב ותוצאות. בעבר כל אובייקטים שנוספו cdp.structure (או כל אובייקט מבנה) לא יישמרו על ידי to_xml אובייקט המבני (השיטה) אלא אם הפונקציה שונה במפורש לאחסן אובייקט. עכשיו כל האובייקטים הנוכחיים יומרו ל- XML.
• תקן לניתוח פיזור הרפיה ב- GUI, כפי שנתפס על ידי מבחן GUI Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. בעת טעינת מקובץ מדינת תסריט, הערך של אף אחד אינו יכול להיות נוכח. זה עכשיו להגדיר לערכים הסטנדרטיים.
• תקן ריצה להירגע בשרת ללא תצוגה גרפית ושימוש matplotlib. השגיאה נמצאת עם מבחן מערכת Relax_disp.test_repeat_cpmg. ואת השגיאה שיוצר היה: QXcbConnection: לא ניתן להתחבר לתצוגה. בוטל (ליבה זרקה). Backend של matplotlib צריך להיות שונה. זה למשל מתואר: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display ו http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• שינתה את ההתנהגות של backend פונקציה המשתמש bmrb.write לניתוח מודל חינם (תיקון באג # 24,131). זוהי שיטת bmrb_write () של API ניתוח ללא מודל. ספינים מסומנים כעת דלגו המחאה נוספה כדי להיות בטוח כי נתוני ספין כבר התאספו.
• נוסף לתקן את באג # 24,131, כישלון יצוא BMRB כאשר אובייקט SpinContainer כולל מאפיין S2. עכשיו אין נתונים מאוחסנים בקובץ BMRB אם מודל מודל ללא טרם להגדיר עבור הספין. זה מאפשר חבילת המבחן בפועל להעביר.
• באג לתקן כדי לאפשר את בדיקת מערכת Mf.test_bug_24131_missing_interaction לעבור. זהו חלק באג # 24,131, כישלון יצוא BMRB עם אובייקט SpinContainer שאין ערך S2. הבעיה הייתה כאשר רכבת הנתונים המותחים דיפוזי. Spin_loop (הפונקציה) הייתה להיקרא, כמו מותח דיפוזי מדווח עבור כל השאריות. לכן skip_desel = True נוספה כדי להתאים את חלק מודל ללא.

מה חדש בגירסה 4.0.0:

• תכונות:
• הגמר, להשלים, ונכון יישום התיאוריה מנת מסגרת ללימוד תנועות הגוף נוקשה. זה נמצא כרגע לניתוח נתוני RDC ומחשבים ממערכות מיושרות פנימי.
• שינויים:
• מחיק הפונקציה המשתמש frame_order.average_position וכל קוד backend קשור. פונקצית משתמש זו אפשרה למשתמש להגדיר חמישה סוגים שונים של עקירה למצב מושלם הממוצע נע: סיבוב טהור, ללא תרגום, על הציר המרכזי של התנועה במערכת; סיבוב על הציר המרכזי של התנועה של המערכת יחד עם תרגום; תרגום טהור ללא רוטציה; סיבוב על מרכז המסה של התחום נע ללא תרגום; סיבוב על מרכז המסה של התחום הנעים יחד עם תרגום. עכשיו את האפשרות האחרונה יהיה ברירת המחדל ורק אפשרות. אפשרות זו שקולה אלגוריתם אימפוזיציה הסטנדרטי (אלגוריתם Kabsch) למבנה היפותטי במיקום הריאלי הממוצע. ארבעת האחרים הם בשל ההיסטוריה של פיתוח התיאוריה. גבול אלה את התועלת של התיאוריה יגרום לבלבול בלבד.
• ניקוי של קוד פונקציית המטרה מסגרת הסדר. זה תואם את השינוי הקודם של המחיקה של פונקצית משתמש frame_order.average_position. השינויים כוללים את הסרת הדגל אופטימיזציה התרגום כפי שהדבר קורה עכשיו תמיד ביצע, והסרת הדגל הגורמת ציר סיבוב מושלם וממוצע כדי להתאים את נקודת הפיבוט motional כפי שהן כעת צימוד לצמיתות.
• סידור אלפבתי של פונקציות במודול lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• הודח בסיבוב כל הדגמים שה"קר' מסגרת במטרה, כפי שהוא אינם מיושמים עדיין. זהו קוד הממשק פשוט -. על החלק העורפי לא קיים
• עודכן הסדר מסגרת איזוטרופיים חרוט מצלמת הבדיקה סקריפט אופטימיזציה מודל. בשל כל השינויים בניתוח כדי המסגרת, את התסריט הישן כבר לא מתפקדת.
• נוצר תסריט עבור דגמי בדיקה כדי מסגרת מצלמת למציאת המיקום המושלם הממוצע. כמו סיבוב על ציר קבוע מוגר, המעבר 1J7P_1st_NH_rot.pdb כדי 1J7P_1st_NH.pdb צריך להיות מומר העתקה וסיבוב על COM. סקריפט זה ישמש להחליף את סיבוב ציר זוויות אוילר עם וקטור תרגום וזוויות אוילר סיבוב com. עם זאת הפונקציה המשתמש structure.superimpose תצטרך להיות שונה כדי להתמודד הוא אימפוזיציה centroid הסטנדרטית כמו גם חפיפת com.
• עודכן מסגרת CAM כדי הבדיקה סקריפט אימפוזיציה המודל. הפונקציה משתמשת structure.superimpose עכשיו נקראת כראוי. קובץ יומן פלט נוסף למאגר מכיוון שהיא מכילה התרגום הנכון ומידע סיבוב אוילר דרושי דגמי הבדיקה.
• עדכון פרמטר הסדר מסגרת מצלמת חרוט איזוטרופיים הבדיקה סקריפט אופטימיזציה מודל. זוויות אוילר עבור סיבוב על ציר motional הוחלפו הפרמטרים סיבוב COM התרגום וקטור אוילר זווית.
• תקן עבור מספר דגמי מסגרת ההסדר אשר אין אילוצי פרמטר. Linear_constraint (הפונקציה) חוזרת A, B = [], [] המתייחסת לדגמים אלה, אך מערכי numpy הריקים האלה גרמו ספריית minfx להיכשל. ערכים אלה עכשיו נתפסים אלגוריתם האילוץ לכבות את האפשרות הזו למזער () שיטת API הספציפית.
• גברת הדיוק של כל הנתונים בתסריט הבסיס הדור נתוני בדיקה כדי מסגרת CAM. אלה הומרו כל מ float16 כדי float64 סוגים numpy.
• תקן עבור הגדרת שגיאת RDC במבחן מצלמת המסגרת כדי תסריט נתונים של דור הבסיס. מבנה נתוני rdc_err ממוקם מכולות נתוני interatomic, לא מכולות הספין.
• שינוי של חלק טעינת מבנה תסריט בסיס יצירת קובץ כדי מסגרת CAM. מבני חברה נטענים רק אם דגל DIST_PDB מוגדר, כפי שהם משמשים רק להפקת חלוקת 3D של מבנים. זה חוסך הרבה זמן וזיכרון המחשב.
• speedup ענק של המבחן פקה מסגרת מנת נתונים הדור סקריפט הבסיס. באמצעות מערכי numpy רבים ממדיים לאחסן את העמדות האטומיות וקטור יחידת XH של כל הספינים, וביצוע הסיבובים על מבנים אלה באמצעות numpy.tensordot (), החישובים הם עכשיו גורם של 10 פעמים מהר יותר. מד ההתקדמות היה צריך להיות שונה כדי להראות לכל 1,000 ולא 100 חזרות. לסיבוביהם של עמדות וקטורי חברה מבוצעים ברצף, בטעות תיקון באג עם מודלי התנועה הכפולים (כלומר במודל 'הרוטור כפול ").
• שינה את מסגרת מצלמת כדי בדיקת נתונים הדור בסיס התסריט כדי לשמר זיכרון RAM במחשב. וקטור XH ומבני נתונים בעמדה אטומיים לכל סיבובי N היום הם מן numpy.float32 ולא סוג numpy.float64. השינוי העיקרי הוא לחשב את RDCS בממוצע והעמידה ממוצעים PCSs בנפרד, מחיקת מבני נתונים N בגודל פעם את קבצי הנתונים נכתבים.
• להשלים מחדש של תסריט בסיס יצירת קובץ כדי מסגרת מצלמת לחיסכון מהירות וזיכרון. על אף ששיטת אג"ח XH המסובבת וקוד בעמדה אטומי היה מהירות מאוד, כמות הזיכרון הדרושה כדי לאחסן אלה מכולות הספין ומכולות נתוני interatomic היו ענקיות כאשר N & gt; 1e6. המשתמש rdc.back_calc ו pcs.back_calc לאחר קריאות לפונקציות גם ייקח יותר מדי זמן. לכן תסריט הבסיס עוצב מחדש. _create_distribution (שיטה) פוצלה לארבע: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () ולאחר _pipe_setup (). _pipe_setup () שיטה זו נקראת הראשון להקים את צינור נתונים עם כל הנתונים הדרושים. ואז _calculate_rdc () ו _calculate_pcs () שיטות, ולבסוף _create_distribution () אם דגל DIST_PDB מוגדר. הקריאות לפונקציות משתמש rdc.back_calc ו pcs.back_calc בוטלו. במקום זאת _calculate_rdc () ו _calculate_pcs () שיטות לחשב את RDC בממוצע ו PCS עצמם numpy מבנים המערך. במקום לשמור את ענק וקטורי בסיס מתחלפים ומבני נתוני עמדות אטומיים, RDCS ו PCSs מסוכם. אלו מכן מחולקים self.N בסוף הסכום ממוצע של הערכים. בהשוואה לקוד הישן, כאשר N מוגדר 20 מיליון השימוש RAM טיפות מ ~ 20 GB ל ~ 65 MB. שעת הריצה הכוללת גם היא ירדה על מערכת אחת מתוך כמה ימים עד מספר שעות (צו או שתיים גודל).
• ששינה את עדכון מד התקדמות עבור בדיקת פקה המסגרת כדי תסריט נתונים של דור בסיס. הצנטריפוגה היה רחוק מהר מדי, עדכון כל 5 במרווחים, ועכשיו מתעדכן מדי 250. לבין המספר הכולל כיום מודפסים רק כל 10,000 במרווחים.
• שיפורי מד ההתקדמות עבור בדיקת פקה המסגרת מנת נתונים הדורים סקריפט בסיס. פסיקים כעת שנדפסו בין אלף והמספרים הם עכשיו ממש מוצדקים.
• העלייה גדולה הדיוק של מיצוע RDC ומחשבים. זה מיועד תסריט הבסיס הדור נתוני בדיקה כדי מסגרת CAM. על ידי סיכום RDCS ו PCSs למערכי numpy.float128 1D (לכך, מערכה 64 סיבית נדרשה), ולאחר מכן חלוקה ידי N בסוף, הערך הממוצע ניתן לחשב עם דיוק גבוה הרבה יותר. כפי N הופך גדול, המיצוע המספרי מציג כמויות גדולות יותר ויותר של חפצי עיצור. אז השינוי הזה מקל על זה.
• תקן עבור RDC ומחשבי ממוצעים בתסריט בסיס הדור נתוני הבדיקה כדי מסגרת CAM. עבור דגם הרוטור הכפול, או כל מודל מצב motional מרובה, המיצוע היה שגוי. במקום לחלק ידי N, הערכים יש לחלק N ^ M, כאשר M הוא מספר מצבי motional.
• גידול עצום דיוק לסדר מסגרת מצלמת הרוטור חינם נתוני הבדיקה המודל. הדיוק הגבוה הוא כי המבנים מספר בחלוקה הוא עכשיו עשרים מיליון ולא ממיליון, ואת ממוצע הדיוק הגבוה בהרבה numpy.float128 של תסריט בסיס יצירת קובץ המעודכן נוצל. נתונים אלו אמורים לאפשר הערכה טובה יותר של ערכי פרמטר מיקום ממוצע בטא וגמא מושלם עבור דגמי הרוטור חינם המושפעים קריסת פרמטר אלפא לאפס.
• גידול עצום דיוק לסדר מסגרת מצלמת הרוטור כפול נתוני הבדיקה המודל. הדיוק הגבוה הוא כי המבנים מספר בחלוקה כיום יותר מעשרים מ'(4500 ^ 2) ולא רבע מ'(500 ^ 2). ואת מיצוע numpy.float128 הדיוק הגבוה בהרבה של תסריט בסיס יצירת קובץ המעודכן נוצל בעבר.

• שינויים:



• תיקוני באגים:

• שינויים:












































































































כְּלוֹמַר.

מה חדש בגירסה 3.3.4:

• שינויים:






































































• תיקוני באגים:

• שינויים:





















































• תיקוני באגים:

• שינויים:








































































































































• תיקוני באגים:

• שינויים:












































































































































































































































• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 3.3.0:

• שינויים:

מה חדש בגירסה 3.1.5:

• שינויים:




• תיקוני באגים:

• שינויים:
























• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 3.1.3:

• שינויים:

מה חדש בגירסה 3.1.2:

• שינויים:













• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 3.1.1:

• שינויים:

מה חדש בגירסה 3.1.0:

• שינויים:


































































- & Gt;

• שינויים:























































• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 3.0.1:

• שינויים:







































































































• תיקוני באגים:

• שינויים:





























































































































































































































































































































• תיקוני באגים:

• שינויים:










































• תיקוני באגים:

• שינויים:

• שינויים:














































































































































• תיקוני באגים:

• שינויים:


























• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 2.2.1:

• שינויים:









• תיקוני באגים:

• שינויים:




















































































































• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 2.1.2:

• שינויים:

מה חדש בגירסה 2.1.1:

• שינויים:


















































































































































• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 2.1.0:

• שינויים:




































































































































• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 2.0.0:

• שינויים:

• שינויים:


• תיקוני באגים:

מה חדש בגירסה 1.3.8:

דרישות :