צילום מסך תוכנה:
פרטי תוכנה:
ערכת פיתוח הכימיה (הידוע גם בשם CDK) היא פלטפורמה עצמאית, מופץ בחופשיות לפתוח ספריית מקור תוכנה מיושמת ג'אווה תוכננה במיוחד עבור ביואינפורמטיקה מבנית, כימואינפורמטיקה חישובית כימיה.
הפרויקט כולל של אלגוריתמים שונים שימושיים ומבני נתונים המותאמים במיוחד עבור מתכנתים שרוצים לחסוך הרבה זמן ומאמץ על ידי שימוש חוזר בקוד. ערכת פיתוח הכימיה אינה מיועדת לשימוש על ידי משתמשי קצה.
מוצג מבט
תכונות עיקריות כוללות תמיכה לקריאת תבניות נתונים כימי כתיבה, תמיכת טיוח מבנים כימיים, תמיכת QSAR (מבנה כמות & ndash; פעילות מערכת יחסים). מתארים, כמו גם אלגוריתמים מובנים לתמיכת המעידה הכימית
לנוחיותכם, היישום מתפלג הבינאריים שנבנו מראש בפורמט של קובץ JAR. כדי להשתמש בו בפרוייקט, פשוט להוריד את הגרסה היציבה האחרונה מ Softoware באמצעות הקישור לעיל, שם תוכלו גם למצוא את התוכנית & rsquo;. S מקור tarball
מתכנתים תמצאו מידע מפורט על איך לקמפל את התוכנית ממקורות, איך לנהל בדיקות שונות, כמו גם איך להשתמש בו בתוכניות אחרות בקובץ Readme.txt אשר ממוקם בתוך ארכיון tar.gz.
תחת מערכות הפעלה ברדס ותמך
אם ניקח מבט מתחת למכסה המנוע של CDK (כימיה ערכת פיתוח) תוכנה, אנחנו יכולים לדבר כי זה כבר כתוב כולו בשפת התכנות Java.
בשלב זה, הוא תואם באופן מלא עם 32 סיביות ו -64 סיביות טעמים של גנו / לינוקס, Microsoft Windows ו- Mac OS X מערכות הפעלה. עם זאת, זה אמור לעבוד על כל מערכת הפעלה נתמכת על ידי Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; ו ערכת פיתוח ג'אווה (JDK) & nbsp; טכנולוגיות
מה חדש במהדורה זו:
- מטען פורמלי של IAtomcontainer מועבר אל IMolecularFormula
- תוקן הבאג 2787332 מערך הקשר הישן בחישוב תשלום Gasteiger נקבע
- עודכן לתקן באג 2788357 SMARTSQueryTool עכשיו תופס TokenMgrError ב construc
- נוסף taglet חדש לעיבוד תג ולקשר cdk.githash Javadocs גורמים Git ריפו
- תגי cdk.svnrev מעודכנים cdk.githash תגים
- Bug_2787332. מבחן נוסף עבור המולקולה Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- קוד מפיק מיושן הוסר: או שימוש CDK-1.0.x או jchempaint-יסודי
- מבחן נוסף עבור באג 2786624 בסוויטת בדיקת מנתח
- קישורים נוספים לדפי PMD
- נוסף קישור סטטיסטיקות JUnit
- נוסף רשימה של סיווגי במודול, עם קישורים לילי @ פלה
- מוסף להגדיר ליצירת דפי HTML מודול
- מוסף להגדיר ליצירת דפי HTML מודול
מה חדש בגירסה 1.5.10:
- מטען פורמלי של IAtomcontainer מועבר אל IMolecularFormula
- תוקן הבאג 2787332 מערך הקשר הישן בחישוב תשלום Gasteiger נקבע
- עודכן לתקן באג 2788357 SMARTSQueryTool עכשיו תופס TokenMgrError ב construc
- נוסף taglet חדש לעיבוד תג ולקשר cdk.githash Javadocs גורמים Git ריפו
- תגי cdk.svnrev מעודכנים cdk.githash תגים
- Bug_2787332. מבחן נוסף עבור המולקולה Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- קוד מפיק מיושן הוסר: או שימוש CDK-1.0.x או jchempaint-יסודי
- מבחן נוסף עבור באג 2786624 בסוויטת בדיקת מנתח
- קישורים נוספים לדפי PMD
- נוסף קישור סטטיסטיקות JUnit
- נוסף רשימה של סיווגי במודול, עם קישורים לילי @ פלה
- מוסף להגדיר ליצירת דפי HTML מודול
- מוסף להגדיר ליצירת דפי HTML מודול
מה חדש בגרסת 1.2.2:
- קישורים קבועים. לא טוב, כנתיב עדיין hardcoded כדי מופע יחיד לילי, אבל אין לנו את מסגרת XML עדיין לסכם דברים על כל Nightlies (ריצה
- מספר הגירסה עודכן
- נוסף מבחן כדי להבטיח IAtomContainers אינם התגנבה דרך IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- מוחלפים addAtomContainer (IAtomContainer, כפול) גם לזרוק IllegalArgumentException כשמי שאינו IMolecule מועבר
- עכשיו זורק IllegalArgumentException כאשר הוא ניסה לאחסן IAtomContainer שאינה IMolecule
- בדיקה יחידה נוספת עבור # 2784182
- בדיקה חדשה עם reserpine
- נוסף taglets עבור השחלה בטיחות
- עם אטום אחד או פחות, אנחנו מגדירים אותה להיות מחוברים, שכן אין מחיצות הצורך (תיקוני # 2,784,209, NullPointerException על IAtomContainer ללא אטומים)
- בדיקה יחידה נוספת עבור באג # 2784209 אשר כיום נכשל
- הסרה נוספת של שמות חבילה המפורש org.openscience.cdk: זורק סעיפים
- הסרה נוספת של שמות מפורשי org.openscience.cdk חבילה
- הסרה נוספת של שמות חבילת org.openscience.cdk מפורשים: עבור org.openscience.cdk.Foo החדש () קוראה
- הוסר org.openscience.cdk.interfaces מפורשת חבילות שמות (תיקוני # 2,783,549)
- הוסר שמות חבילה מפורשים, לטובת היבוא, עבור org.openscience.cdk במודול datadebug (תיקוני # 2,783,549)
- הוסר שמות חבילה מפורשים, לטובת היבוא, עבור org.openscience.cdk במודול הנתונים (תיקוני # 2,783,549)
- פריצה של אפשרות רקורסיה על AllRingsFinder
- הפקה מנוסחא מחרוזת יסודות האישום.
- הפקה מנוסחא מחרוזת יסודות האישום.
- בקר של המסה כאשר הוא מחוץ לטווח
- מעודכן בתבונה להוסיף H של אל PLANAR3 N, תיקוני באגים 2,781,199
- מקרה מבחן נוסף עבור באג 2781199
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשו בתוך בלוק לתפוס כוללות כעת למעט השורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשה בתוך בלוק לתפוס כולל כעת למעט שורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשה בתוך בלוק לתפוס כולל כעת למעט שורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשה בתוך בלוק לתפוס כולל כעת למעט שורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשה בתוך בלוק לתפוס כולל כעת למעט שורש לשמר מחסנית עקבות
- שיחות בנאי CDKException עשה בתוך בלוק לתפוס כולל כעת למעט שורש לשמר מחסנית עקבות
- נוסף בדיקה יחידה להבטיח שדות SD נקראים לכל המולקולות
- נפרד בדיקה
- קבצים חדשים
- יותר בדיקות עבור CML קריאה
- בדיקה יחידה נוספת עבור # 1848591: מסגרת Murcko שגויה
- יצוק קבוע, להסיר את שמך חבילה מלא מיותר
- בדיקה יחידה נוספת עבור # 2692107
- קבוע typo: חסר 's'
מה חדש בגירסה 1.2.1:
- תוקן באג 2,714,283, אשר כראוי זורק חריגה כאשר טבעות אינן סגורות כראוי. אם טבעת אינה סגורה עם מספר הטבעת המתאים, InvalidSmilesException נזרק. Daylight גפרורים התנהגות
- תוקן באג 2729120 והוסיף יחידת מבחן
- עודכן תגובה לתקן באגים 2,768,643.
- תיקון חלקי עבור באג 2719237. Made getBondOrderSum סטטי, הוסיף יחידת מבחן עבורו
- Typo: proteinl - & gt; חלבון
- הציבור בכיתה Made, כדי unbreak הוספתו לבנות / *. Javafiles
- SMARTS הקבוע חלקית התאמה עבור R0. אתחול מולקולת היעד עודכן כדי לציין במפורש אטומים לא בטבעת ואטום RingMembership כן עודכן לבצע בדיקה מפורשת כאשר R0 מצוין. חלקית מתקן את הבאג 2587204
- מבחן השוויון המפוקפק קבוע. שיטה פרטית בודקת אובייקטים זוגיים באמצעות הפניה. עבד מצוין כשהיו null. נכשל כאשר אנו צריכים להשוות לפי ערך. קוד מתעדכן לקחת את זה בחשבון. בדיקה יחידה נוספת (ועשה השיטה מוגנת כך שהוא יכול להיבדק)
- מבחן נוסף ביאור שיטה. השלים כיסוי מודול נתונים
- refactored ChiIndexUtils לעשות את זה לארוז פרטי. מנקה את API הציבורי, שכן הוא משמש רק על ידי קוד מתאר צ'י. עדכון כל הכיתות התלויות. קוד הבדיקה הועבר (אשר צריך להיות מלא ב!) כמו גם
- ניקוי קוד של ChiIndexUtils. המרה ל -1.5 ניבים
- ניקוי של PathTools והוסיף מבחן שיטת ביאור, כך הליבה מכוסה לחלוטין
- קבוע הקודם להתחייב לערוך את קו cdk.keyword, לא קו cdk.module
- מילות מפתח עקבית יותר בשימוש
- נוסף מבחן על מנת להבטיח כי חפצים שלמים מושווה לפי ערך ולא הפניה
- נוסף במקרה מבחן כדי לבדוק כי ההפרשים מיכל אטום נכונים בעת שימוש חפצים deserialized
- קבוע IntegerDifference כך למעשה בודק את הערך השלם ולא אזכור של האובייקט השלם. פותר את הבעיה לפיה אובייקט בהמשכים לדיסק ולאחר מכן deserialized אינו תואם את האובייקט המקורי (לדוגמה, מחרוזת diff ריק הלא)
- יישומי תיקון # 2675819 (סטפן קון): תיקון להוסיף removeReaction כדי reactionSet
- השתמש בממשק במקום יישום
- הוסר ייבוא בשימוש
- השתמש IAtomContainer במקום IMolecule, כמו התאמת בפועל היא באמצעות IAtomContainers כבר (תיקוני # 2,686,249)
- תוקן ClassCastException (תיקוני # 2,685,134)
- attrib מקור נוסף לתקן בבניית אובונטו .deb
- מערכות בונים עזרה קבועה: להשתמש בצנצנות doclet ב develjar /; עודכן עבור src / main התיקיה src חדש; שימוש סיר מאוד מיושן של rt.jar
- הוסר libdepends לכלול בקרה ומדידה-ioformats, אשר לא באמת צריך libdepends
- עודכן כך שאם אטום היעד אין סמל (כגון אטומים פסאודו) במשחק מחזירה שקר (ולא NPE)
- טיפול הולם קבוע של #N SMARTS querys
- מקרה מבחן נוסף עבור באג 2686473
- נוסף פתק על הנמלה 1.7.1 נדרש
- קבוע מקור NPE: "null == 2 'גורם חריג, אז המבחן הראשון עבור nullness
- הודעת זכויות יוצרים קבועה לשנת 2009
- אחסון כפולים קבוע של תבניות פריסה, אשר שייך רק במודול SDG, לא מודול נוסף מדי
- סניף מיזוג 'local1.2' של ../../ git-svn / CDK
מה חדש בגרסת 1.2.0:
- מתקן כמה SMARTS ניתוח בעיה, שימוש בשני סימני -letter ו IPseudoAtom ב Fingerprinter, ומוסיפים 4 הגדרות סוג האטום חדשות עבור יוד וגופרית.
מה חדש בגירסה 1.1.5:.
- בעיקר תיקוני באגים
מה חדש בגירסה 1.1.4:.
- תיקוני באגים קטנים ברובם
מה חדש בגירסה 1.1.1:
- תיקוני באגים קטנים ברובם וקוד בכלל לנקות.
מה חדש בגירסה 1.1.0:.
- רבים, הרבה שינויים
דרישות :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
תגובות לא נמצא