Topographica

Topographica היא חבילת תוכנה למודלים חישוביים של מפות עצביות.
המטרה היא לסייע למדענים להבין את תפקודי מוח ברמה של המפות טופוגרפיות המרכיבות את מערכות חושיות ומוטוריות.
Topographica נועד להשלים את סימולטורים רבים טובים נוירון ברמה הנמוכה שזמינים, כגון ג'נסיס וNeuron. סימולטורים אלה להתמקד בדוגמנות ההתנהגות הפנימית מפורטת של נוירונים ורשתות קטנות שלהם.
Topographica מתמקד במקום זאת במבנה בקנה מידה גדולה והפונקציה כי הוא גלוי רק כאשר אלפי רבים של תאי עצב כזה מחוברים למפות טופוגרפיות המכילות מיליוני חיבורים.
תופעות רבות וחשובות לא ניתן ללמוד בלי רשתות גדולות כגון, כוללים הארגון דו-ממדי של אורינטציה ויזואלית ומפות כיוון תנועה, ופילוח אובייקט ותהליכי קיבוץ.
כדי להפוך מודלים כגון מעשיים, בTopographica היחידה הבסיסית היא גיליון של תאי עצב, ולא נוירון או חלק מתא עצב.
עבור רוב הסימולציות, יכולים להיות מיושמים הגיליונות ברמה גבוהה, בהיקף של ירי-שיעור מופשט או נוירונים לשלב-ואש.
כאשר נדרש לאימות או לתופעות ספציפיות, Topographica יכול בקלות להיות מורחב באמצעות גיליון ממשקים לדגמי נוירון מפורטים יותר בסימולטורים אחרים.
יכולים לשמש גם גיליונות פחות מפורטים באופן זמני, לדוגמא בעת אינטראקציה עם המודל בזמן אמת.
לאורך כל דרך, Topographica עושה את זה פשוט להשתמש ברמת פירוט מתאימה ומורכבות, כפי שנקבע על ידי הכח זמין המחשוב, תופעות של עניין, וכמות הנתונים ביולוגיים זמינה לאימות.
הדמות בצד ימין למעלה מציגה מודל Topographica דוגמא המוקדם במערכת הראייה השלבים, דוגמנות איך רשתית הקלט השתנה על-ידי התלמוס, קליפת ראייה העיקרית, ואזורים בקליפת המוח גבוהים יותר. בגלל Topographica הוא סימולטור מפה למטרות כלליות, הוא גם תומך בכל ערוצי תחושות אחרות שמאורגנת במפות טופוגרפיות, כגון מגע ושמיעה, כמו גם באזורים מוטוריים.
Topographica הוא זמין באופן חופשי להורדה, והוא פרויקט קוד פתוח שניתן להרחיב את היכולות ושונות על ידי כל משתמש. אנו מקדמים בברכה תרומות ממשתמשים, ומזמינים אנשים המעוניינים להצטרף לצוות הפיתוח המופץ בעולם שלנו.
למרות שהקוד עדיין בפיתוח פעיל מאוד, זה נמצא בשימוש יומיומי בפרויקטי מחקר רבים ושיעורים אקדמיים.
בהתחשב בקצב המהיר של פיתוח הנוכחי, בהיותו יזם הוא כנראה הדרך הטובה ביותר לשמור על קשר עם כל השינויים.