CodonW היא תכנית שנועדה לפשט את הניתוח רב משתני (ניתוח התכתבות) של שימוש בחומצת אמינו וקודון. הוא גם מחשב מדדים סטנדרטיים של שימוש קודון. יש לו שני תפריט וממשקי שורת הפקודה.
פרויקט CodonW נכתב על ידי ג'ון Peden במעבדה של פול שארפ, מחלקה לגנטיקה, אוניברסיטת נוטינגהם. ג'ון עובד בגנטיקה של אדם, וכיום מועסק כמנהל מסד נתוני ProCardis בWTCHG באוניברסיטת אוקספורד.
הנה כמה תכונות עיקריות של "CodonW":
· נכתב ב- C תואמת ANSI
· תפריט מונע
· מספר נרחב של אפשרויות שורת הפקודה
· קוד גנטי עצמאי
· אין מגבלות על
1. מספר הרצפים
אורך 2. רצף
· חישוב מדדי שימוש קודון
מדד הסתגלות קודון: 1. CAI
2. גנדרנים: תדר של קודונים אופטימליים
3. NC: מספר אפקטיבי של קודונים
4. כת"ב: קודון הטיה אינדקס
· חישוב מדדי חומצת אמינו
ציון 1. רוטב
2. ארומטיות
· חישוב ניתוח התכתבות של
1. שימוש קודון
2. RSCU (שימוש קודון נרדף יחסית)
3. שימוש בחומצת אמינו
· ניתוח התכתבות
1. יכול לכלול / לא לכלול קודונים / חומצות אמינו
2. יכולים להפיק דוחות מפורטים של מגמות
3. ניסיונות לזהות קודונים אופטימליים באופן אוטומטי
4. יכול להרשות לנתונים נוספים קובע שיש להוסיף
5. רושם כל מספר של מגמות
· חישוב פרמטרים גן
אורך 1. ג'ין
2. GC, GC3s ומיקום קודון הספציפי G + C
3. הרכב dinucleotide (בכל שלוש מסגרות קודון)
4. שימוש בחומצת אמינו
5. שימוש בחומצת אמינו יחסית
6. שימוש קודון
7. שימוש קודון נרדף יחסית
· האם מושגית מתרגם רצפי חלבון
· מאתחל מחדש נתונים רצף
· פלט קריא אדם או מכונה
· האם ניתן לשרשר גנים (תוך שמירה על מסגרת קריאה) כדי לחשב
1. שימוש קודון כולל
תוכן 2. GC
הרכב 3. dinucleotide
· יוצר שולחנות של קודון, חומצת אמינו, או שימוש RSCU
· האם ניתן אפילו לעזור לך ללמוד את הקוד הגנטי.
·
תגובות לא נמצא