חייב להיות ביואינפורמטיקה עבור Linux

Staden החבילה היא קבוצה מפותחת של הרכבה רצף ה- DNA (Gap4), עריכה וכלי ניתוח (ספין) ליוניקס, לינוקס, MacOSX ו- MS Windows.בחזית Gap4 היו כמה קטין הצטרפות קשורשיפורים באיך זה עשרות מצטרף מצא פנימי מצטרף והפונקציונליות של כפתור היישור בעורך הצטרף.גם של תוצאה...

פרויקט STEME התחיל את חיי כקירוב לאלגוריתם הציפייה-Maximisation לסוג של מודל המשמש במד מוטיב כגון מם.STEME & rsquo; קירוב EM של פועל בסדר גודל יותר מהר מאשר יישום מם להגדרות פרמטר טיפוסיים. STEME עכשיו התפתח מאתר מוטיב באופן מלא לכל דבר בפני עצמו. למה...

צעדים הוא חבילת סימולציה סטוכסטיים מדויקת של מערכות התגובה-דיפוזיה בגיאומטריות מורכבות 3D באופן שרירותי. אלגוריתם הסימולציה ליבה שלנו הוא יישום של SSA של גילספי, הרחיב להתמודד עם דיפוזיה של מולקולות על פני האלמנטים של רשת tetrahedral 3D.למרות שזה פותח...

Syntainia הוא יישום חדשני להדמיה של הגנום מרובה & nbsp;. הוא מציג ממשק משתמש פשוט ואינטואיטיבי להציג ולתפעל מערכות יחסים בין קבוצות של גנים. עם הדמיה גן ברורה יותר, קל יותר לחוקר לזהות שימור synteny בין הגנום מרובה.  Syntainia הוא יישום שולחן עבודה שנראה...

SyntenyMiner הוא יישום לדמיין ולחקור את ההשוואות בין רצפי גנום שלמים מרובים. הממשק מספק תצוגת ניווט של התאמות לרצף הגנום התייחסות. רצף התאמות בין כרומוזומים של הגנום שונה יכולים להיבחן נוסף בהקשר של עלילת נקודה, חושפים rearragements הגנום שני בקנה המידה...

טפיר הוא כלי פייתון המכיל תוכניות להעריך ולתכנן האינפורמטיביות פילוגנטי למערכי נתונים גדולים.טפיר מצטט בעת השימוש בטפיר, נא לציין:- Faircloth לפנה"ס, צ'אנג J, אלפארו ME: טפיר מאפשר ניתוח תפוקה גבוה של האינפורמטיביות פילוגנטי.- טאונסנד JP: אפיון...

tigreBrowser הוא דפדפן מודל ביטוי גנים לתוצאות מחבילת R טיגרה (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). התקנה: tigreBrowser דורש גרסת פייתון> = 2.5. ניתן להתקין tigreBrowser עם הפקודה הבאה:פיתון setup.py להתקיןלקבלת מידע נוסף על...

TRMiner הוא כלי Python שמטרתה אוצרי נתונים מדעיים & nbsp;. היא מאפשרת לגזום במהירות אוסף גדולה של פרסומים מדעיים למשפטים רלוונטיים למטרת כרייה נתון.זו מושגת בשני שלבים. ראשית, טקסטים tranlated לרצפים של אסימונים למילים רלוונטיות. שנית, דפוסי ביטוי רגילים...

פרויקט VULCAN מספק ניתוח דינמיקה של נוזלים חישובית.VULCAN (הצמיג נגד רוח אלגוריתם לזרימת ניתוח מורכב) מציע דינמיקה של נוזלים חישובית למהירות תת-קולית דרך סוער קולי מגיב ולא מגיב תזרים על מגוון רחב של פלטפורמות חישובית סידוריים ומקבילות.העלות החישובית של...