NCBI C++ Toolkit

צמח השדה C ++ Toolkit מספק ספריות חופשיות, ניידת, ציבור תחום ללא הגבלות להשתמש. זה עובד על יוניקס, MS Windows, ופלטפורמות OS Mac:
ย ท רשת וספרייה בין-תקשורת (IPC) עם מתאמי iostream
ย ท ספריית multithreading
ย ท CGI ומהיר CGI ספרייה
ย ท HTML ספריית הדור
ย ท מסד נתונים SQL ספריית גישה ל
ย ท C ++ ספריית עטיפה לBerkeleyDB
ย ท C ++ iostream מתאם / Library Wrapper
ย ท GZIP וספריית ++ C BZ2 Wrapper עם מתאמי iostream
ย ท ASN.1 וספריית XML בהמשכים עם C ++ Code Generator כלי (datatool)
ספריית תאריך ושעה ย ท
ย ท ספריית פונקציות מערכת קבצים
ย ท טיעון שורת פקודה, תצורה וספריית עיבוד איכות הסביבה
ย ท רצף ספריית אלגוריתמי יישור
ספריית מנוע תפציץ ย ท
ย ท ביולוגי רצפים אחזור וספריית העיבוד
ספריות FLTK ניידת ומבוסס GUI OpenGL וגרפי ย ท
מלבד האמור לעיל, יש ספריות שלמות הרבה יותר שימושיות, שתי מטרות כלליות והקשורים לביוטכנולוגיה שכל הזמן פיתח, מתוחזק ומשמש בייצור של חיים אמיתיים במאות אינטרנט ויישומים עצמאיים והמתכנתים שלהם (גם נספרו במאות).
אם אתה מפתח C ++ תוכל למצוא את הטבע הנייד של הספריות שימושיות מאוד בבניית אפליקציות בפלטפורמות גם אם אין לך עניין רב בביואינפורמטיקה. ספריות כגון אלה עבור CGI / Fast-CGI, HTML, רשת, גישה למסדי נתוני SQL, ASN.1 והמשכי XML הן מטרה כללית למדי וניתן להשתמש בו במגוון רחב של יישומים מחוץ לתחום הבעיה ביואינפורמטיקה.
C ++ Toolkit עובר פיתוח פעיל עם הספריות נבנות כל לילה. קוד המקור זמין באופן חופשי דרך FTP וCVS. התיעוד לToolkit C ++ זמין באופן מקוון בפורמט צמח השדה מדף הספרים וגם להורדה ספר כמו בפורמט PDF של Acrobat

מה חדש במהדורה זו:.

• המוסף LDS2 (v.2 אחסון נתונים המקומי) המבוסס על SQLite3, יש לו תכונות חדשות וביצועים טובים יותר. כמו כן יושם מטעין נתונים LDS2 להשתמש LDS2 ממנהל האובייקט.
• XmlWrapp -זהו API XML טיפול הנוח היה בעיקר מוגמר (ואפילו מלוטש).
• מיושם נהור ואישור של חיבורי HTTP ונהור של שקעים מאובטחים, באמצעות באי כוח HTTP.
• CFormatGuess עכשיו מאפשר הבחנה בין GTF, GFF3, וGFF2. זהו שינוי אולי שבירה. לפרטים נוספים ראו בהמשך.
• חלקים עיקריים יושמו של CFeatTree, הכיתה לארגן תכונות מוגדרות על רצף ביולוגי בהיררכיה המשקפת יחסי הורים וילדיהם (המבוסס על תת התכונה).
• CORELIB:
• המרת locale-עצמאי מיושם במחרוזת להכפיל ובחזרה; ספריות ליבה השתנו להשתמש בו.
• NStr :: להצדיק () - לעיצוב של פסקאות טקסט
.
• CNcbiApplication - להפוך FindProgramExecutablePath סטטי, וחזק יותר; להוסיף שיטת GetAppName ברמה גבוהה יותר סטטי. חפש קבצי תצורה גלובליים במקרים נוספים.

CMetaRegistry :: FindRegistry
• -. שיטה חדשה חושף את ההיגיון בקביעה שקובץ (אם בכלל) כדי לטעון
• CEnvironmentCleaner -. מעמד חדש כדי לבטל את משתני סביבה לא רצויה
• CFileIO - חזרה להתנהגות מקורית:. לא לסגור את ידית הקובץ אם הוא מוקצה באמצעות SetFileHandle ()
• סידורי:
• בהמשכים של אובייקטי נתונים AnyContent - קבוע להכיר ותהליך כראוי מייחסים בערכיהם
.
• תקן את הקריאה של נתוני XML להקצות לערך ברירת מחדל אלמנט כאשר אין לה תוכן.
• תמיכה נוסף עבור רצפים של מרכיבים, שבו האלמנט יש ערך ברירת מחדל.
• DATATOOL:
• דור קוד המתוקן של:
• אובייקטי נתונים CHOICE;
• סוגי נתונים בינאריים עם תכונות.
• המרה המתוקנת של ערכים כפולים סוג לשמר ספרות משמעותיות יותר.
• Connect:
• אפשרות שקע משך חיים נוסף (fSOCK_KeepAlive).
• מבחן קישוריות נוסף צמח השדה (CConnTest).

UTILITES
• :
• g_FindDataFile -. פונקציה חדשה לאיתור קבצי נתונים במקומות (להגדרה) סטנדרטיים
• CChecksumStreamWriter -. מחלקה חדשה לחישוב סכום ביקורת של נתונים בכתב לזרם
• g_GZip_ScanForChunks () - API החדש, לשאילתא עמדות זרם דחוסות. הוסיף יישום להשגת עמדות לgzip-קבצים נפרדים בתוך קובץ gzip בשרשור.
• מניפולטורים זרם דחיסה / שחרור לחץ נוסף (כוללים / util / לדחוס / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / ג} עמ ') מעודכן, עם שינוי ואולי שבירה. המטרה של זה היא לאפשר CFormatGuess להבחין בין GTF, GFF3, וGFF2. נכון לעכשיו זה גושים כל הפורמטים האלה לאחד הערך 'eGtf'. הערך (3) "eGtf 'הישן מוחלף ב'eGtf_POISONED', ולא יוחזר שוב. הערך החדש עבור 'eGtf' (21) יהיה משמעות קובץ שיש לקרוא עם CGtfReader (objtools / קוראים / gtf_reader.hpp). הערך החדש 'eGff3' (22) הוא עבור קבצים אמורים להיקרא עם CGff3Reader (objtools / קוראים / gff3_reader.hpp), ו 'eGff2' (24) הוא עבור קבצים אמורים להיקרא עם CGff2Reader (כולל / objtools / קוראים /gff2_reader.hpp)
• ביו-אובייקטים:
• CBioseq :: GetNonLocalId - שיטה חדשה כדי לעזור רצפי מקום מיובאים מקבצי FASTA עם מפרט טווח בהקשר רחב יותר; עטוף בCBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (גם חדש).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - יישום או לשפר את ההכרה ליותר קידומות (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, ורשות העתיקות-עז, שחלקם מתאים לאפשרות החדשה של DDBJ TPA נתונים WGS) והצטרפויות מעורבות בTPA חלבון (בעיקר מEMBL, אבל כמה מGenBank מדי).
• להבחין הצטרפויות אדון WGS על ידי קצת דגל חדש. להירגע היגיון הכרת PDB על-קפדן.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. פונקציונלי חדש לעבודה עם מזהי רצף טקסט רגיל, בחשבון מתוך CFastaReader ולהכליל מעט
• SSeqIdRange - סוג חדש (להשלים עם מנתח ועל-the-fly & quot; איטרטור & quot;) לעבודה עם טווחי Seq-id, כנוכח בכמה מכפילי מקור defline FASTA
.
• ביו-כלים:
• CFastaOstream - לחלופין קיבל כותרות מותאמות אישית עבור רצפים בודדים. טווחים שליליים גדיל תג עם "מוביל ג של.

.
• CFastaReader - תמיכה טווחים שלילי גדיל ותחביר הפער בסגנון defline הקומפקטי של נצנצים (?? & Quot; & gt; N & quot; כאשר N הוא מספר; או & quot; & gt; unk100 & quot;)
• קובלט:

-num_domain_hits
• שורת הפקודה נוספה האפשרות שמגביל את מספר תחומים נשמרים לרצף המשמש בחישוב אילוצי יישור.
• עצי פילוגנטי:
• הוספת ממשק ברמה גבוהה יותר לחישוב עץ פילוגנטי מיישור רצף (למשל פיצוץ ותוצאות קובלט). כיתת CPhyTreeCalc מחשב עץ פילוגנטי, וCPhyTreeFormater מדפיס את העץ בפורמט Newick וNexus.

ספריות
• ביו-OBJECT:
• CheckNumRows מיושם () ושיטות אחרות ליישור דליל.
• כדי להפחית את טביעת רגל זיכרון: הוסיף לקריאה ווים להפחית זיכרון בשימוש על ידי יישור אחרי deserialization; Na גדיל משתמש כעת בייט אחד של זיכרון שבו אפשרי; בחירת Score.value כעת משובץ בCScore.
• נצל הצטרפות בCSeq_id :: GetLabel ().

MANAGER
• ביו-OBJECT:
• שיטות נוסף גטר לשדות בוליאני בCTableFieldHandle.
• המוסף GetBestGeneForFeat () המבוסס על CFeatTree.
• מיושם GetBestOverlappingFeat () על CFeatTree.
• הוספה מהירה CScope :: GetTaxid ().
• טעינה בתפזורת מיושמת ACC / ver, GI, תווית, וtaxid.
• פערים באורך אפס נוסף לבדוק לCSeqMap וCSeqVector.
• GetLength () וGetCoverage () למקומות אג"ח.
מיושם
• שיפורים:
• שיטת עוזר נוסף כדי למלא CFeatTree על מיקום.
• האיץ מיפוי של מקומות CSeq_loc_mix פשוטים בCFeat_CI.
• מיון החמרה של תכונות בCFeat_CI כדי למנוע אי-בהירויות.
• עסקני CSeq_feat_Handle עכשיו לעבוד עם Seq-שולחן כוללים גם.

תכונות Seq-שולחן
• תומכות כעת שדות משתמש רב ברמה.
• ללא Seq-feat Seq שולחנות כעת מוכרים גם אם ממוקמים בנתח פיצול.
• האיץ CBioseq_Handle :: AddId ().
• CScope :: AttachXxx אופטימלי ().
• פיצול תמיכה של ביאור בשם.
• CSeqVector וCanGetRange של CSeqVector_CI () עכשיו לחזור שווא במקום לזרוק חריג.
• אפשר לציין כיצד להתמודד עם ידיות קיימות בResetHistory ().
• אופטימלי מחדש הורות אם יותר תכונות מתווספות CFeatTree.
• הוספת אפשרות לאתר באגים CScope יצירה / מחיקה.
• שינויים רבים פונקציונליות ניקוי ++ C לחקות את הפונקציונליות ניקוי שכבר קיים בC. יש עדיין עוד עבודה לעשות עם BasicCleanup, אבל התקדמות משמעותית נעשתה. מעט עבודה שנעשתה עבור ExtendedCleanup כמו של עוד.
• CSeq_loc_Mapper כעת ניתן לאתחל עם GC-עצרת.
• תיקוני באגים:
• מיפוי קבוע של מקומות תערובת על גדיל מינוס בCFeat_CI.
• תיקונים רבים בדרך CFeatTree מקשרת תכונות.
• תיקוני חוט-בטיחות כמה.
• טעות דפוס קבוע מניעת הוספה מיישרת וגרפים לCSeq_annot_EditHandle.
• להגן מפני חריגים בעת מיון תכונות בCFeat_CI.
• LOADER DATA GenBank:
• הסברים חיצוניים הרשום HPRD.
• הוספת פרמטר exclude_wgs_master אופציונאלי בקוראי pubseqos / pubseqos2.
• טעינה בתפזורת מיושמת ACC / ver, GI, תווית, וtaxid.
• המוסף CGBDataLoader :: CloseCache ().
• שיפור:
• בקשות תפזורת שימוש טעינה בCScope :: GetBioseqHandles ().
• סטטיסטיקת קורא נפרדת לפי סוג כתמים טעונים.
• חותמת נוסף להודעות ניפוי GenBank.
• השתמש בIConnValidator לפתיחת קשרי PubSeqOS.
• נוסף מפוצלת גרסה לבקשות נתח ונתח מפתחות משנה במטמון GenBank להימנע משימוש בנתחים הלא נכונים כאשר מדינת בועת פיצול משתנה בזיהוי.
• שמות נוסף משניים פחות מבלבלים param לזמן קצוב פתוח.
• אל להכפיל לנסות שוב ספירה על ידי מספר החיבורים.
• יישומי בדיקת MANAGER האובייקט וDEMO:
• id2_fetch_simple -. הוסיף אפשרויות -id לSeq-id השרירותי של
• test_bulkinfo -. מבחן יישום חדש
• FASTA:
• פונקציונלי שולחן תכונת ++ C נעשה יותר פונקציונלי כגון לחלק מפרויקט BankIt.
• asn2flat שירות
• מספר עצום של שינויים מעצב Flatfile כדי להביא אותה מדינה לשחרר מוכנה הרבה יותר קרובה (ואולי לשחרר מוכן בשלב זה, למרות שחלקם נושאים שוליים יחסית יישארו).
• XMLWRAPP:
• .
אשמת פילוח קבועה במקרה של לקיחת התייחסות לביטוי XPath פועל תוצאות
• נוסף עוזרים כדי לקבל תעודת זהות ציבורית, מזהה מערכת ושם DTD לתת חיצוניים ופנימיים.
• שיטות נוסף כדי בדיקת תכונות צומת.
• ביצוע קבוע של ביטוי XPath:. עכשיו זה מתחיל מהצומת נתון
• קבוע מחפש תכונות (כולל ברירת מחדל) כאשר מרחב מסופק.
• יכולת נוסף כדי להפעיל את ביטוי XPath ללא צורך להירשם מרחבי במפורש.
• .
יכולת נוסף כדי לספק מכולות לאיסוף שגיאות ואזהרות בעת ניתוח מסמכים
• יכולת נוסף כדי לשנות ערכים ומרחבים של תכונות ברירת המחדל של הצומת.
• Added יכולת לבדוק אם תכונה היא ברירת מחדל.
• Added יכולת להכניס או להסיר תכונות תוך ההתחשבות במרחבי השם שלהם.
• יכולת נוסף להתפשט הצהרת XML כאשר מסמך נשמר.
• WindowMasker:
• נוסף פורמט חדש קלט, & quot; seqids & quot ;; עם פורמט קלט זה, הקלט הוא קובץ המכיל id רצף על כל שורה, והאלגוריתם משתמש במנהל ביו-האובייקט לחפש את הרצפים.
• הוספת מחלקה חדשה CWinMaskConfig, לאחסון כל פרמטרי תצורת WindowMasker. הכיתה יכולה לשמש כדי להוסיף את שורת הפקודה טיעונים הדרושות כדי CArgDescriptions, ולאחר מכן לקבל את הפרמטרים תצורה משורת הפקודה הטיעונים.
• מסגרת BUILD (UNIX):
• לפרש מפרטי שורת הפקודה של APP_PROJ או LIB_PROJ כרמז כדי לנקות את הגדרות _PROJ אחרות * לא סיפקו גם שם. (דורש GNU הפוך;. בונה עם סאן הופך תמשיך לעבוד כמו קודם)
• יותר מטרות אספקה ​​בתיקיות משנה:. * _f (באמצעות makefiles המקומי שטוח המיוצר על פי דרישה, תלות מתעלמת בחלקים אחרים של העץ), * _fd (עטיפה ברמה העליונה Makefile.flat), clean_sources וpurge_sources
• Configure ותסריטי הנוחות שלה (מהדרים / יוניקס / sh *.):
• דגל חדש ראוי לציון --without-3psw -. לא להשתמש בכל תוכנת צד 3
• הוספת סימון עבור GLEW.
• בדיקות משופרות עבור Boost ו- OpenGL.
• תמיכה מפרטת נתיבי ריצה בדרווין (Mac) מערכות עם toolchains המודרני.
• פיצוץ:
• בדרווין (Mac OS X), לבנות רק למעבדי אינטל אפילו באוניברסלי אחרת בונה בשל הגבלת toolchain PowerPC.
• תמיכה נוסף לאחזור צמח השדה טקסונומיה המזהים שתמיכת WindowMasker נגיש.
• אפשר המפרט של רצף שאילתא יחד עם קובץ יישור רצף נפוץ בpsiblast.
• .
תמיכה קשה מיסוך מסד נתונים נוסף
• מסד נתונים נוסף רך מיסוך לחיפושים מתורגמים.
• תמיכה נוסף עבור btop (פעילות traceback פיצוץ) ושאילתא ואורך נושא בדו"ח הטבלאי.

יישומי שורת הפקודה
• - מאפשר psiblast על שאילתות חיפוש מרובות, הוסיף -input_type האופציונלי עבור makeblastdb
• אפשר שימוש בלהיט הכי טוב וXML במצב blast2sequences.
• ביצועים משופרים עיצוב לחיפושים מרוחקים.
• makembindex יכול כעת לבנות מדד MegaBLAST רעול פנים ישירות מבסיס הנתונים של נוקלאוטיד תפציץ שימוש במידע מיסוך מאוחסן במסד הנתונים תפציץ. מטרה זו מושגת על ידי -db_mask אפשרות שורת הפקודה החדשה לmakembindex. האפשרות מקבלת id השלם של אלגוריתם הסינון נתמך על ידי מסד נתונים הפיצוץ. האפשרות יכולה להיות מיושמת רק בשיתוף עם blastdb -iformat.
• כדי לסייע למשתמש במציאת מזהי המספריים של אלגוריתמי סינון נתמכים על ידי מסד נתונים פיצוץ, -show_filters הדגל הוא הציג. יישום הדגל עם blastdb -iformat ומסד נתונים תפציץ כקלט גורם makembindex לפלט רשימה של אלגוריתמי סינון זמינים ויציאה.
• NETCACHE יישומים:
• NetCache הוא עיבד לכולל את התכונות הבאות:
• ניהול טוב יותר של שטח דיסק;
• עבודת נעילה פחות עם כתמים, גרסאות משמשת במקום;
• האזנה יציאות מרובות והגדרות לכל לקוח הבחנה.

APIs
• NetCache וICache:
• השתמש בUint8 בכל מקום לגודל כתם.
• אפשר אחזור בועה חלקי.
• הגנה באמצעות סיסמא הבועה הציגה; מטופלים סיסמאות ריקות ללא סיסמא.
• APIs צומת Worker:
• פרמטר חדש להפסקת צומת העובד אם צריכת הזיכרון שלה עולה על המגבלה שצוינה (פרמטר & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• פרמטר חדש להפסקת צומת העובד אם זמן הריצה שלה עולה על המגבלה שצוינה (פרמטר & quot; total_time_limit & quot;)
.
• יישומי GRID:
• netscheduled
• תוקן באג שגרם לכל מענה לפקודת מחיקת התור.
• remote_app
• פרמטר תצורה חדש (& quot; tmp_dir & quot;). כדי לשלוט באופן זמני שם ספרייה נוצר - כדי להפחית את אורכו
• התחבר שגיאת כתיבת בועה.
• netcache_control
• אפשר אחזור בועה חלקי.
• -הסר הפקודה ניו למחוק כתמים על ידי תעודות הזהות שלהם.
• -auth הפרמטר החדש כדי לציין מחרוזת אימות לשימוש.
• פקודות חדשות -reconf ו-reinit לשימוש על ידי מנהלי NetCache.
• netschedule_control
• מצב תאימות מופעל כדי לאפשר עבודת netschedule_control עם בלוטות עובד מבוגרות.
• cgi2rcgi.cgi
• אל תיצור בועת NetCache ריקה כמציין מיקום עבור הודעת ההתקדמות.
• שגיאות יומן רשת המדווחים למשתמש.
• אפשר חללים בפרמטר העבודה ID.
• פלט תמיכה של מידע מצב עבודה בפורמט JSON.
• אפשר תבניות HTML המותאם אישית שיוגדרו לשגיאות GRID ואירועים אחרים.
• נוסף ללא מטמון כותרות HTTP כדי למנוע הטמנה של תוצאות ביניים.
• ncfetch.cgi
• פרמטר חדש כדי לגשת לכתמים המוגנים בסיסמא.
• לפרש פרמטר נוסף & quot; שם הקובץ & quot; כשם קובץ עבור הקובץ שהורדת.

מה חדש בגרסה 31 דצמבר 2008:

• גרסה זו מוסיפה שיטה לחישוב טור ספציפי pseudocounts בPSI-BLAST.
• זה refactors ספריית שירותי רשת.
• זה מוסיף מסגרת בדיקה יחידה ורישום שגיאה לכל סוגים של API הקובץ.
• זה פותר תמיכת pthread על IRIX. זה משפר את תמיכה של המשכי XML.
• זה פותר תמיכה Sybase.
• זה מוסיף תמיכה בשולחנות בדיקה קטנות יותר לשאילתות קטנות.
• זה מוסיף API כדי לאחזר נתונים סטטיסטיים מטעין GenBank.
• זה במגוון עצום של שיפורים, speedups, ותיקוני באגים אחרים.