snakemake

צילום מסך תוכנה:
snakemake
פרטי תוכנה:
גרסה: 2.5
טען תאריך: 20 Feb 15
מפתחים: Johannes Koster
רשיון: ללא תשלום
פופולריות: 10

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

לבנות מערכות כמו איפור משמש לעתים קרובות כדי ליצור זרימות עבודה מסובכות, למשל ביואינפורמטיקה & nbsp;. snakemake שואף לצמצם את המורכבות של תהליכי עבודה יצירת על ידי מתן שפה נקייה ומודרנית תחום ספציפי מפרט (DSL) בסגנון פיתון, יחד עם סביבת ביצוע מהירה ונוחה.
התקנה
- על אובונטו 12.04, אתה יכול להתקין את חבילת דביאן python3-snakemake זמין במאגר Launchpad שלנו.
- במערכות אחרות, אתה צריך התקנת עבודה של Python> = 3.2. בהתאם למערכת שלך, אז אתה יכול להתקין snakemake על ידי הנפקה או easy_install snakemake או easy_install3 snakemake בשורת הפקודה. אם אין לך priviledges מנהל, יש להסתכל על --user הטיעון של easy_install.
- לבסוף, snakemake ניתן להתקין באופן ידני על ידי הורדת ארכיון קוד המקור מpypi.
שימוש
Snakemake מציע DSL פשוט כדי לתאר תהליכי עבודה שיוצרות קבצים בכמה שלבים הבאים:
= דגימות ["01", "02"]
# אופציונלי להגדיר ספרייה שבה העבודה צריך להיעשות.
workdir: "נתיב / ל/ workdir"
# דומה לעשות, להגדיר כללי דמה הפועלים כמטרות בנייה.
לשלוט בכל:
& Nbsp; קלט: "diffexpr.tsv", ...
לשלוט סיכום:
& Nbsp; קלט: "{} מדגם .mapped.bam" .format (= מדגם ים) לים בדגימות
& Nbsp; פלט: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; לרוץ:
& Nbsp; # ... לספק קצת קוד פיתון לייצר את הפלט מהקבצים הקלט
& Nbsp; # e.g. קבצי קלט גישה על ידי מדד
& Nbsp; קלט [1]
& Nbsp; ערכים כללי גישה #
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # קלות להפעיל פקודות מעטפת באופן אוטומטי באמצעות מעטפת ברירת המחדל שלך בזמן שיש גישה ישירה
& Nbsp; # לכל המשתנים הגלובליים והמקומיים באמצעות minilanguage הפורמט
& Nbsp; אשכולות = 6
& Nbsp; פגז ("--threads somecommand {אשכולות} {קלט [0]} {פלט [0]}")
לשלוט map_reads:
& Nbsp; # להקצות שמות לקבצי קלט ופלט
& Nbsp; קלט: קורא = "{} מדגם .fastq", hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp; קבצי פלט סימן # להיות לאחר יצירה מוגנת בכתיבה
& Nbsp; פלט: ממופה = מוגן ("{} מדגם .mapped.sai")
& Nbsp; # לחלופין להגדיר הודעות שתופענה במקום תיאור שלטון הגנרית על ביצוע של השלטון:
& Nbsp; הודעה: "מיפוי קורא ל{} input.hg19"
& Nbsp; נושאים: 8
& Nbsp; פגז:
& Nbsp; # ישירות לספק פקודות מעטפת (במחרוזת קו מרובה או בודדת) אם תחביר פיתון אין צורך.
& Nbsp; # שוב, ניתן לגשת משתנים גלובליים ומקומיים באמצעות minilanguage הפורמט.
& Nbsp; # יתר על כן, ניתן לציין מספר הנושאים אשר בשימוש על ידי השלטון. מתזמן snakemake מבטיח כי הכלל הוא לרוץ עם מספר המסוים של נושאים שאם מספיק ליבות נעשות זמינות דרך אפשרות שורת פקודת -j.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; BWA AlN -t {אשכולות} {} {input.hg19 input.reads}> {} output.mapped
& Nbsp; כמה --other --command
& Nbsp; "" "
בהתחשב ב" Snakefile "עם תחביר כזה, העבודה יכולה להתבצע (למשל באמצעות עד 6 תהליכים מקבילים) על ידי issueing:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
לפרטים נוספים, עיין במדריך

מאפיינים :.

    • הגדרת תהליכי עבודה באופן טקסטואלי על ידי כתיבת כללים כיצד ליצור פלט קבצים מקבצי קלט בתחביר מבוסס פייתון פשוט. בניגוד לGNU לעשות (שהוא בעיקר מערכת לבנות), snakemake מאפשר שלטון כדי ליצור קבצי פלט מרובים.
    • Snakemake מחשבת באופן אוטומטי שכללים צריכים להיות מוצאים להורג כדי ליצור את הפלט הרצוי.

    • כללים
    • שני פגז מבוסס כמו גם תחביר פיתון מלא בתוך כלל נתמך. יש פקודות Shell גישה ישירה לכל משתני פיתון העולמיים והמקומיים.
    • כמו GNU לעשות, snakemake יכול לתזמן הוצאות להורג שלטון מקבילות שבו אפשרי. יתר על כן, הַקבָּלָה שלטון השאר יכולה להיות משולב עם הַקבָּלָה שלטון הפנים (למשל אשכולות) וsnakemake מבטיח כי מספר הליבות בשימוש אינו עולה על הערך המסוים.
    • קבצים יכולים להיות מסומן כזמני (כלומר הם יכולים להימחק ברגע שאין צורך יותר) או מוגנים (כלומר הם יהיו מוגנים מפני כתיבה לאחר יצירה).

    • קבצים
    • קלט ופלט יכולים להכיל תווים כלליים בשם מרובה.

    • יכולים להיות שם קבצים
    • קלט ופלט, כך שפונים אליהם בתוך הכלל הופך שימושי.
    • המפה-לצמצם כמו פונקציונלי מושגת באמצעות קל לקריאת תחביר הבנת רשימת פיתון.
    • כתכונה ניסיונית, snakemake יכול לרוץ על אשכול על ידי ציון הפקודה להגיש (למשל qsub למנוע Sun Grid Engine).

    דרישות :

    • Python

  • תוכנה דומה

    RFLP planner
    RFLP planner

    3 Jun 15

    Ghemical
    Ghemical

    3 Jun 15

    checkmyclones
    checkmyclones

    11 May 15

    PEATDB
    PEATDB

    14 Apr 15

    תוכנות אחרות של יזם Johannes Koster

    TRMiner
    TRMiner

    14 Apr 15

    תגובות ל snakemake

    תגובות לא נמצא
    להוסיף הערה
    הפעל את התמונות!